1949年-2009年六十年间，陈独秀著作出版经历了内部限制印发与公开出版发行两个截然不同的阶段。1980年后，随着历史问题的拨乱反正，陈独秀已成为学术界公认的正面人物。2004年4月30日，胡锦涛在中共中央纪念任弼时百年诞辰讲话中郑重地将陈独秀“右倾机会主义”改作“共产国际和陈独秀右倾错误”，陈独秀在人们心目中的正面人物形象，似应合法化了。
1984年-1993年间，三卷本《陈独秀著作选》相继由上海人民出版社出版。编者写于1991年12月的《编辑说明》中说:“对于陈独秀诋毁中国共产党，诬蔑工农红军和反对农村包围城市革命道路的错误言论，本书全文照录，不予删节，以供读者研究和批判。”字里行间，“批判”遗风犹在，且不无防身自保之虑。其实，这部分言论虽不免有误，却可窥见历史的真实面貌。对照近年公布的联共(布)、共产国际与中国革命关系的档案文件，人们可以追溯历史进程的清晰脉络和重大情节，重估这些言论的历史价值和学术价值，不是仅靠口诛笔伐的政治大批判能够了结的。
《陈独秀著作选编》(六卷本)辑文八百九十篇、二百七十二万字，较原三卷本六百多篇、一百六十二万字，多出二百多篇、一百一十万字。新辑作品主要是档案文件、近年新发现的文章书信，以及音韵学、文字学方面的著作。其中有陈独秀在上海工人第三次武装起义前后主持特别委员会的发言、五卅运动中在《热血日报》上发表的文章、在南京狱中写给汪原放的五十四封书信、入川后写给台静农等人的近百封书信，等等。
编入本书的档案文件，目前仅限于中共中央和共产国际以及联共(布)中央已经公布的并有陈独秀本人签署或与他人合署的文件。某些宣言和决议虽确知由陈独秀草拟，但未署其名，均未选入。即使如此，这些仅有的文件，也能够告诉读者，1920年陈独秀如何从新文化运动和五四爱国运动总司令、中共创始人、第一代领袖、联共和共产国际东方战略的执行者，沦落为斯大林指挥中国革命失败的替罪羊而被逐出中共的历史真相。
本书第六卷，收入陈独秀音韵学著作《古音阴阳入互用例表》、《连语类编》以及与他的学生、语言学家魏建功来往书信和《表》。文字学著作，收入《小学识字教本》，致台静农、陈立夫、陈可忠等人书信。
《小学识字教本》是陈独秀文字学研究集大成之作，常人不甚了解。1929年写成《中国拼音文字草案》，售予商务印书馆。当时，陈独秀为当局通缉，其书自然不能出版。书稿亦杳无下落。1932年，被捕入狱后，他充分利用当局给予的优待条件，多读、深思、勤写，学术成果丰硕可观，真正兑现他早年提倡监狱和研究室是人类文明两大“发源地”的主张。1938年8月，经胡适、张伯苓、陈中凡等联名保释出狱。此后，陈远离国、共及托派。自谋发展不成，避居四川，虽清苦困窘，仍傲然屹立。偶尔接受官方转托朱家骅、张国焘给他的赠款，却坚拒另组反共新党。当时，国共合作抗日，中共党人可以参政，中共军队可以领饷，无党无派的平民学者陈独秀，接受友人和弟子的馈赠(暗含不为陈所知的当权者的旨意)，自应视为无亏大节。居川期间，陈独秀在《实庵字说》、《识字初阶》基础上，写《小学识字教本》原定由国民政府教育部出版，并两次预支稿酬一万元。教育部长陈立夫认为“小学”二字不妥，建议改书名为《中国文字说明》。陈独秀以“小学”乃音韵学、文字学综合之古称，也是他研究文字形、声、义三者统一而非三者分立的特点，拒改书名。此书不能出版，他令家人不得动用稿酬。《小学识字教本》书稿由国立编译馆油印五十册分赠专家。梁实秋分得一册，十分珍爱，日后带往台湾，请专人描清字迹不清处，影印五百册，仍感不佳。再请人费时十月，将全稿重描无误，书名改为《文字新诠》，隐去作者姓名与《自叙》，代之以梁序，于1971年由台湾语言研究中心影印出版。梁私下告友人，此为陈独秀遗作。《小学识字教本》得以传世，梁氏功莫大焉。
陈独秀晚年，继续坚持思想启蒙，重竖科学民主旗帜，提出一系列独到见解（如下述五条）。半个世纪过去了，现在看来，其中许多是卓识远见，有些则是错误的。一、民主主义是“超时代”、“超阶级”的，是“每个时代被压迫的大众反对少数特权阶层的旗帜”。未来世界，民主主义最终将战胜各种专制制度，实现“无产阶级民主制以至全民民主制”。二、社会主义是很长的历史阶段，根本目标是发展经济，使最大多数人民幸福。建设社会主义要吸收资本主义文明成果，不能马上废除私有制，初期允许多种经济成分，而以国家资本主义为主。三、肯定“前期”苏俄，否定“后期”苏俄。斯大林在苏俄的恐怖专政，是苏俄制度造成而非个人品质问题；“任何独裁制都和残暴、蒙蔽、欺骗、贪污、腐化的官僚政治是不可能分离的”。没有民主主义，就没有社会主义；政治上的民主主义和经济上的社会主义，相成而非相反；斯大林式的官僚政权绝不能创造社会主义，苏联早已不是社会主义。四、世界大战中不能引发革命，殖民地不能获得解放独立。“此次若是德、俄胜利了，人类将更加黑暗至少半个世纪。五、质疑或不再采信列宁主义、托洛茨基主义。国民政府认为他攻击斯大林，有碍联苏抗日，下令禁刊陈的文章。已经排除王明影响的中共中央，托朱蕴山等人游说陈去延安养老，也为陈拒绝。托派上海中央猛批陈时，托洛茨基多次派人劝陈赴美参加第四国际领导事务。陈表示在祖国危难之际，他哪里也不去。贫病交加，四面受敌，陈独秀依然不遗余力地探索变革之道，期望再造中华。
近年，随着陈独秀研究著述的增多，陈独秀研究不断走向深入，但还是存在一个为陈最终“正名”的问题。所谓“正名”，并非要求恢复陈独秀的中共党籍，而是真正实事求是地给陈独秀以应有的历史地位。恢复其党籍，其实对于陈独秀来说，已非其所愿。他早已宣称不属于任何政治派别，而只属于他自己，只是一个“终身反对派”。今天，陈独秀历史遗案随着联共(布)中央和共产国际档案的公布，已经真相大白。为陈独秀“正名”，还历史的公正，为现实改革增加助力，深获大众特别是学者之心，此其时也。
陈独秀一生(1879——1942)跨越了十九世纪到二十世纪，是一位在近代中国政治和文化史上贡献巨大、影响深远而又复杂多变、充满争议的人物。其所守定不变者，是进化、民主、科学、爱国和社会主义五大根本问题，始终如一，至死不渝。
推倒一世豪杰，
扩拓万古心胸。
1903年，青年陈独秀所写的这十二字座右铭，是他终生奋进的写照。苦难过早地夺去了他的生命，然而其遗文中蕴含的勇于思考，弃绝盲从，永不停滞，与时俱进的精神，将薪火相传，长留人间。
