1908年11月14日傍晚时分（酉刻），年仅三十八岁的光绪帝龙驭上宾。第二天（15日）午后二时，慈禧太后“升遐”。“十一时中两遘大丧，亘古所未有，可谓奇变。”（《许宝蘅日记》，218页）因而国内外观察家普遍预感中国很快会有更重大事情发生。
仓皇离京
最先做出反应的是那些流亡海外十年的保皇党人。康有为“突闻光绪噩耗，悲病万分”，以为“光绪幽囚以来，并无大病，忽撄不治，传说纷纭。嗣闻为袁世凯所毒杀，乃由海外上摄政王书，请诛袁世凯以谢天下，并发布讨袁檄文。”（《康南海先生年谱续编》，79页）
梁启超也利用各种关系上书摄政王、善耆等，建议宣布袁世凯罪状，“虽明正典刑，殊不为过”，“最轻亦宜加以革职，交地方官严加管束。”（《梁启超年谱长编》，480页）。
康梁等指责不过是捕风捉影，并没有确凿证据，但他们的呼吁蛊惑人心，袁世凯迅即成为众矢之的。1909年1月2日，清廷发布谕旨：
军机大臣、外务部尚书袁世凯，夙承先朝屡加酌用，朕御极后，复予懋赏，正以其才可用，俾效驰驱。不意袁世凯现患足疾，步履维艰，难胜职任。袁世凯著即开缺，回籍养疴，以示体恤之至意。
清廷并没有追究袁世凯的什么责任，摄政王载沣也没有如某些人所期待的那样，杀袁为乃兄复仇。其实，十年前的故事很清楚，不是袁世凯背叛维新派，出卖光绪帝。如果一定要说袁有责任，那么他的责任是“有密未告”，没有及时将谭嗣同夜访谈话上报朝廷。这些细节过去若干年已有深入研究，可惜康梁那时不可能知道而已。
军机章京许宝蘅为“天子近臣”，他在当天（1月2日）日记中写道：
“入直。军机见起后复召世、张二相入，发出蓝谕三道：一、袁太保开缺回籍养疴；二、那相入军机；三、澍贝勒在乾清门侍卫上行走。按，澍贝勒为孚郡王之嗣子，乙未、丙申间得罪革爵圈禁，庚子释免者。”（《许宝蘅日记》，228页）
从这里没有觉得有什么阴谋，而且读许宝蘅日记还有一个收获，那就是袁世凯确实患有足疾，并因此请假多日。1908年10月7日：“为项城拟请假折，因足疾请假五日。”（207页）袁世凯足疾并非一个虚假理由。
第二天（1月3日），袁世凯入朝谢恩，随后搭乘快车潜至天津。有英国人海鲁君在火车上意外发现袁世凯：
头等车内仅三数人，予觅一近暖气处坐定。旋来一人，衣素服，发毛鬓鬓，随从甚多，坐处与余相对。见其仆辈置似新闻类一束于其旁，其人遂翻阅，两点二十五分，车过丰台，约有四十分钟，其人端坐未行动。旋有仆人又置似酒类一樽于几上，车上之仆均事之甚谨。余察其人举动，异于常人，以英语询车中检票人，知为清国军机大臣袁世凯。四点三十分，车至老龙头，袁下汽车，即乘一华丽马车往西行去云。（《一个日本记者笔下的袁世凯》，109页）
袁世凯“匆遽微服赴津，暂憩于英租界利德顺饭店，令人密告直隶总督杨士骧嘱图一晤。杨闻之大惊，立遣其长子毓瑛（字璞山）往见，始知袁拟连夜搭轮赴日本避祸。毓瑛告以其父不便出署，但太老师（指袁世凯）系奉旨穿孝大员（袁以军机大臣外务部尚书奉旨赏穿百日孝），今擅释缟素，又不遵旨回籍，倘经发现，明日续有电旨令拿办赴京，则祸更不测，且亦决无法庇护。袁听之傍徨无策。毓瑛返署报告其父。杨立饬铁路局速备三等车两辆，另调机关车，升火待发。再令毓瑛赴利顺德报告袁，即陪同坐一辆马车赴老龙头火车站登车，由路局某总办陪同返京。杨并坚嘱袁明晨必须返豫，不可稍作勾留。”（张国淦：《北洋军阀的起源》）
老江湖袁世凯似乎乱了方寸，其实在他潜往天津的时候，朝廷内部也为他的未来多有争论。庆亲王奕劻、张之洞、世续等轮番向摄政王载沣求情，以为袁世凯不管有怎样的问题，但毕竟其才可用。
“相王（摄政王）言予亦知其有才，但予不忍用之。如用之，予无颜以见元祐皇太后。北骨（张之洞）乃不敢置词，惟云桓（袁）本有去志，可否使乞骸骨，因而允之。相王不悦，云公勿晓晓，奉行制书可也。”（恽毓鼎致端方密函，《近代史资料》总43号，213页）
重臣劝说无法打动摄政王，学部侍郎严修1月4日更有惊人之举，“疏请收回成命”，然而摄政王主意已决，并没有答应。此举成全了严修君子品格，“严为项城援引，由编修超擢侍郎。此举尚不失为君子，胜于反面若不相识或更下石者远矣。”（《恽毓鼎澄斋日记》，414页）
一切努力终归失败，袁世凯只好按照杨士骧的安排返回北京，旋于6日（十五日），带着深深遗憾、眷恋，由北京西站“仓皇登车”，时到车站相送者，仅学部左右侍郎宝煦、严修及端方弟弟，时任礼部郎中的端绪等数人。
转投实业
有诸位重臣担保，袁世凯并没有遇到什么大的磨难。不过他并没有返回原籍河南项城，除了祖籍房舍已给了亲族，另外一个原因是他与其兄袁世敦长期以来的矛盾，因而他初居汲县。没过多久，又带着两个姨太太寓居卫辉。
卫辉今属新乡，山水佳美，竹木茂盛，苏门山南麓有名胜百泉，魏晋以来就是高人隐士乐意去处。袁世凯隐居卫辉“慎守大臣去位闭门思过之道意”，“其无聊政客、报馆访事人一切斟酌杜绝”。他在卫辉的住所，为其旧部何棪本提供。何原名兰芬，字芷庭，卫辉人，曾充新建陆军粮饷委员，代为袁世凯购置卫辉马市街旧典肆。（《抑斋自述》，142页）
袁世凯隐居之初，尽量低调，但对当地名流并不拒绝。1909年1月23日初四日，王锡彤“偕李敏修谒袁宫太保于马市街寓邸。袁公方五十一岁，须发尽白，俨然六七十岁人，知其忧国者深矣。且正在国恤期间，彼此均不薙发，故益觉黯然。”（《抑斋自述》，144页）
因人口多，房子少，袁世凯在卫辉住了几个月，1909年五月率全家迁彰德府城北门外洹上村。洹上临洹水而得名，洹水又名安阳河。“津门何氏先营别墅于此，公（袁世凯）爱其朗敞宏静，前临洹水，右拥行山，土脈华滋，宜耕宜稼，遂购居焉。宅有小园，草创伊始，莳花种竹，叠石浚池。点缀林亭，题名曰养寿园。”（《容庵弟子记》卷四，31页）
养寿园占地两百多亩，袁世凯买下来之后重新改造，修筑了高大的院墙，院墙上还有几个炮楼，仿佛就是一个围子。
“堂居园之中央，凡三巨楹，周拓广廊，轩敞为全园冠，遂以名园者名堂。堂额以孝钦后赐书‘养寿’二字，勒诸贞木。楹帖乃吴江费树蔚集龚孝琪诗句，曰‘君恩彀向渔樵说，身世无如屠钓宽’。书则绍县沈祖宪代书也。堦前立奇石二，一状美人，一如伏虎，咸太行山中产也。”
园南有谦益堂，面汇流池，倚碧峰嶂，左接峻阁，右挹新篁。明窗四照，远碧一泓，南园之胜，一枕收之。榜为袁世凯书写，缀以跋，曰：
“光绪辛丑冬季，皇太后御书‘谦益’二字，赐臣某，圣意深远，所以勖臣者至矣。园居成，谨以名堂，俾出入瞻仰，用自徇省云。联曰圣明酬答期儿辈，风月婆沙让老夫。”（《洹上私乘》，23页）
在洹上村住下后，袁世凯用很大精力经营这个园子，真有在此度过残年的意味。他将关系不错的兄长袁世廉接来同住。兄弟俩或扶杖漫步，下棋聊天，或请几个文人骚客吟诗作词，风花雪月。时而听莺钓鱼，弄舟水池；时而设宴园中，与妻妾子女共享天伦之乐。袁世凯那张头戴斗笠，身披蓑衣，在舟上垂钓的经典照片，虽说具有“摆拍”的味道，也有让外界特别是北京对他放心的暗示，但这种悠闲的生活，放松的心情，应该是袁世凯在洹上生活写照，有诗佐证：
背郭园成别有天，盘餐樽酒共群贤。
移山绕岸遮苔径，汲水盈池放钓船。
满院莳花媚风日，十年树木拂云烟。
劝君莫负春光好，带醉楼头抱月眠。
袁世凯闲云野鹤式生活，或以为真实，或以为是袁世凯刻意做给北京那些反对者看的。
作为一个老资格政治家，朝廷一品大员，说袁世凯就此息影林下，不再过问政治，恐怕连他自己也不相信。不过，在他度过开缺回籍养疴最初恐慌后，他确实希望在实业上有所斩获。
协助袁世凯从事实业的，除了他的老部下周学熙，还有一个新人王锡彤。王锡彤字筱汀，号悔斋，晚号抑斋行一，卫辉人，生于1866年，长袁世凯三岁。锡彤年轻时与李敏修（名时灿）共斋读书，后一起在家乡从事教育，并参与地方政事、如赈灾，还参与主持禹州三峰煤矿公司。
机会总是青睐有准备的人。王锡彤有友人王祖同，祖同字肖庭，河南鹿邑人，1909年初分派至江西任饶州府知府，赴任时经卫辉访袁世凯。袁在表明心迹时说“官可不作，实业不能不办”，力言实业关系国家兴衰，询问祖同同乡中有哪些人具有创办管理实业的才能。祖同以锡彤对，袁说见过，“余知之槃槃大才也，第恐不肯助我耳，君为我招之。”王锡彤获知此情，甚为感动，“余思矿务、铁路皆实业事，年来跳身其中，已不作师儒身份矣。惟袁公所创如京师自来水公司、唐山洋灰公司、滦州矿务公司，皆采用新法，规模宏大，余之经验胡足副之，因是踌躇。”后在友朋分析劝说下，特别是他母亲一锤定音：“袁公天下豪杰，汝平日所倾佩者。今既见招，奈何不往？且京津虽远，较禹州近也，火车畅行一日可达。何时思我何时可归，我若思儿亦可电召，何惮为？”（《抑斋自述》，147页）袁看上锡彤，除王祖同介绍，还有锡彤事母最孝这个非常私人的因素。
有了王祖同介绍，母亲的支持，王锡彤1909年六月初专程前往彰德府拜见袁世凯，袁命其迁寓其邸第畅谈数日。袁世凯告诉王锡彤：
“罢官归田，他无留恋。惟实业救国，抱此宗之久矣。所创之实业概畀之周缉之（周学熙），缉之以现任臬司，丁忧释服后即当放缺，不定何省，已办之实业弃之岂不可惜。前日缉之来，专为此事研究数日，苦难替人。君幸为我谋之，我知君胜此任也。”
袁世凯还对王锡彤说：“我知君孝子，求忠臣于孝子之门。”（《抑斋自述》，148页）受袁世凯委托，王锡彤部分取代周学熙原来的角色，在京津唐豫等地帮助袁世凯创办，或管理实业，在京师自来水公司、天津启新洋灰公司、天津华新纺织公司等几个大型企业中，王锡彤都是一个很重要的角色，成为袁世凯的账房和经理人。
心在庙堂
袁世凯去职三个月，王锡彤为福公司交涉事去外务部，与外务部左参议周自齐会晤。周在谈话中“惟疾首蹙额言无办法，且历述自袁宫太保去尚书任，外交上全无可言。洋人到部辄拍案咆哮，有理亦无讲处。公辈欲交涉胜利，只有待袁宫保来耳。”王锡彤闻言不禁吃惊，“部员乃出此言，殊可诧异。惟细思此言以为滑稽不负责任也，可以为老实话亦未为不可。然福公司交涉终待袁公出山始获了结，则周参议之言是也。当时人心所归，中外所向略见一斑。而摄政王特反之，愈令人生愤慨之心矣。”（《抑斋自述》，146页）
1909年10月11日，袁世凯去职十个月，《泰晤士报》发表《中国局势》一文，以为
“袁世凯自年初被开缺，就一直在其祖籍省份河南的卫辉府乡下居住，过着平静的生活。他身体健康，看上去比他被罢黜时年轻了十岁。他优哉游哉地消磨着时光，由于许多朋友的支持而志得意满，那些朋友坚信他很快会重回政坛。现在人们普遍认为，由于毫无经验的摄政王所为，帝国中最重要的政治家突遭罢黜，这是个愚蠢的错误，是缺乏爱国心之举。报界曾对直隶总督袁世凯充满敌意，并在其失势时对他猛烈抨击，现在则谨慎地为他返回官场而努力。舆论已向着对袁世凯有利的方向发展。国家迫切地需要他，但尽管他健康状况良好，他肯定会表现出一副得体的不愿意重返政坛的样子。军机处已提议启用他，但他礼貌地予以拒绝了。足疾未愈是罢黜他的理由，但在中国，每一个人都知道，那并非真实的原因。而袁世凯拒绝告别田园生活而复出的理由是足疾未愈。这也不是真实的理由。除非发生意外，全国人民都确定他能重新掌权。而他的复出将受到所有关心中国进步的人的欢迎。”（《直击辛亥革命》，64页）
袁世凯看到了“以退为进”的好处，他的幕僚、部下也逐步放弃最初阶段的拘谨，重聚袁世凯身边。1910年八月二十日为袁世凯生日，“是时，袁公去位已将两载，天下之仰望之者愈众。旧日僚属亦明目张胆复来趋附，不似从前之藏头露尾矣。惟袁公殊淡泊，尝着蓑笠持钓竿与其兄清泉徜徉洹水之上焉。”（《抑斋自述》，156页）那些老部下本来就没有因为袁世凯隐居受到影响，徐世昌、冯国璋、段祺瑞等人在政治生活中的地位、影响力不降反升，他们不仅各自掌管着一方权力，而且通过各种关系、渠道，与袁世凯保持着密切关系，寻找各种理由经过彰德府，看望老领导。所谓日久见人心，患难见真情，此之谓也。
那时伦理、政治架构不会要求人们因为政治原因与旧主脱离关系，更不鼓励背叛与批判。为了招待这些不远千里前来看望的旧雨新知，袁世凯在彰德府专门设立一家档次不低的旅馆，至今仍在营业，偶一光顾，仍能听到袁世凯和那些客人的故事。
举一个例子。据王锡彤知，1910年正月初三：
“接袁云台电报，严范孙侍郎来彰，邀余一谈。范孙学问道德，余夙所称北方之泰山北斗者。初以翰林院编修家居，袁公任直隶总督，亲往造其庐，聘为直隶学务长。锐意经营直隶学校，遂为天下冠。比学部立，又荐擢学部侍郎。袁公上年被斥去官，部下文武皆哗然，辩非袁党。范孙独上书自陈，越格超升实袁所荐，即不自认袁党人亦以袁党相视，请褫职以去。至是闻袁公移居彰德，特来省视。云台以余与范孙有一日之雅，故特邀往晤。初四日遂至彰德袁邸。时与范孙同来者，林墨卿及范孙之公子约冲，侄公子约敏，因得畅谈。初五日，严、林诸公南游去，复留与袁公谈。因言专制之国无大臣。公曰何也？曰位逼则疑，权重则忌。公默然。”（《抑斋自述》152页）
袁世凯的威望因被打压而上升，又因清廷此时实在无人，更让袁世凯行情看涨，即便是那些因各种原因与其中断往来很久的人，也渐渐承认袁世凯可能是未来中国一个极为重要的人物。张謇便是一个突出的例子。
张謇与袁世凯青年时代同在吴长庆帐下，甚至有点师生情谊，后来因故中止往来。
1911年5月8日，清廷如约宣布内阁官制及办事章程，裁撤旧有内阁、军机处、会议政务处，新组责任内阁。这是晚清政治改革巨大进步，然在名单中皇族、满人比重过高，因而引起汉人士大夫不满。第二天，新内阁宣布将粤汉、川汉铁路修筑权收归国有，这项政策被一些人解读为“国进民退”。
当是时，张謇正因公务沿京汉线自汉口赶往北京，“经过彰德的辰光，就和二十八年以来分道扬镳、疏离已久的袁世凯会面，哪知道无意中的一见，就和下半年的变局引起了很重大的关系。”（《南通张季直先生传记》，135页）
6月6日，仍在途中的张謇致电袁世凯：“袁宫保鉴：别几一世矣，来晚诣公，请勿他出。”第二天，“午后五时至彰德，访袁慰庭于洹上村，道故论时，觉其意度视廿八年前大进，远在碌碌诸公之上。”（《柳西草堂日记》）
重出江湖
袁世凯人气在上升，而清廷人气在流逝。据张謇之子张孝若观察：
“到了北京以后，清摄政王和满朝亲贵尊贤礼士的风气，都还做得十足。就是谈到正经事体，仍旧是口是心非，当做耳边风一样。我父那时一看国势衰弱，江河日下，只是瞄准了走上那颓败的道儿，丝毫没有因为筹备立宪、开国会的新局面，大家有了一点觉悟，振作起来；依然是敷衍颟顸，蠹国病民，自家拼命地自杀自己，他人是救不来的。但是我父这次到京，还抱着极兴奋诚挚的心意，想打一针最后强心的忠言，来救醒亲贵的沉迷，来保住那将倒的大厦。”（《南通张季直先生传记》，146页）
在彰德隐居三年，袁世凯身在江湖，心在庙堂，对于清廷他并没有失望，“漳洹犹觉浅，何处问江村”，他时刻等待着朝廷的召唤，重出江湖，这是一个职业政治家的本能。
历史没有辜负袁世凯的等待。1911年10月10日（八月十九日），湖北新军在武昌发难，终于让袁世凯结束了隐居的日子。
武昌起义第二天，农历八月二十日，正好是袁世凯生日。袁家在洹上养寿园祝寿，来了不少幕僚、助手、部下。据王锡彤，祝寿第二天，
“二十一日，闻武昌有乱事，人心惶惶，然群以为袁公必将启用。二十二日（13日），果有督鄂消息，因力劝其不必应命。二十三日，庆王派阮斗瞻来劝驾，袁公谢恩折上矣。惟余与云台主张不应清廷之命，因更进迭劝。杨皙子度与斗瞻同来，其主张与余与云台同。皙子言革命初起，袁公督师必一鼓平之，清之改善殆无希望。余则以为乱事一平，袁公有性命之忧。侍坐再三言之，袁公忽怫然，曰‘余不能为革命党，余子孙亦不愿其为革命党。’余知渺小之身牵及云台矣，默然退，拟即返里避之。适赵智庵、张金波来，云陆军部尚书荫午楼南下督师将过彰，嘱候续息。二十五日（16日）荫至，袁公仍称病，荫谒于寝室，语密不得闻。二十七日（18日）遂返里，邻里咸来问讯，余告之，曰不闻乡里旧传有八月十五日之谚乎？此即是也。各宜镇定，不可惊慌。”
过了几天，“九月一日（10月22日），接袁公来电促返。初二日（10月23日），赴彰谒袁公。袁公曰：‘余甚稳健，对于革命党决不虐视，请公放心。’初三日（10月24日），余遂返京自来水公司，云台已先到京矣。”又过了几天，“初八日（10月29日），偕云台赴彰，以袁公督师赴鄂，往送也。京汉车上拥挤甚，妇孺尤多。远隔三千里，而逃难者已如此之多，群众心理皆知清之必亡矣。余偕云台、仲仁在一头等房间，闻赵智庵在车役室中，乃邀之来。……袁公札派余随办营务，实亦无事可办。初九日（10月30日），袁公南行，送至车上，袁公独招余上车，问有何嘱。余曰凡事留有余地步。袁公颔之。”（《抑斋自述》，173页）
袁世凯面对清廷政治危机并没有幸灾乐祸，也没有试图火中取栗，没有采纳杨度建议利用南方危机推动北京久已停滞不前的政治改革。当然，像王锡彤建议的那样，袁世凯在稍后的行动中，“凡事留有余地步”，并没有将革命党赶尽杀绝，而是顺势而为，尽人事耳听天命而已。
