冤狱的不断出现，暴露出司法的缺陷。典型的，前有云南杜培武杀妻案，近有湖北佘祥林杀妻案，赵作海杀人案，至于历来被错判死刑而被枪毙了的，媒体时有报道，不一而足。相类似的国外案例是美国的辛普森杀妻案，三案的共同之处是被告人有重大杀妻嫌疑，而中美司法的处理迥异。前两案都被错判杀妻罪名成立，后一案中，尽管人人都知道辛普森有极大的杀人嫌疑，连他的律师也这样认为，但司法不定其有罪。法官说，我对案件的审判严格按照法定程序进行，我确保了程序的绝对公正，严格依照程序取舍证据，让证据确定法律事实，陪审团因此而作出了辛普森无罪的结论，是程序得出的必然结果;要给辛普森定罪必然会损伤程序，而为了实现个案实体公正而损伤程序为美国法所不容忍，辛氏被司法无罪开释。而我们却为了追求实体公正，不放纵犯罪，轻信和迷信于口供，不惜违反程序，刑讯逼供，吞食“毒树之果”，最终却失却了实体公正。今天，杜培武和佘祥林仅仅因为另案的告破而非司法必然地被排除了杀人的嫌疑，获得昭雪，但代价是如此之惨重!也许，辛普森的嫌疑永远无法排除，其将永远逍遥于实体正义之外，但他接受了程序的审查，没有逍遥于法律程序之外;而杜培武和佘祥林在其杀人嫌疑被排除前，我们的司法固然没有让他们逍遥了实体正义之外，但他们却因为违反程序的司法而失去了司法程序的保护，他们的刑事诉讼权利的被剥夺直接导致他们被错误的判处了死刑。纵然已有专家认识到了，刑事诉讼法是保护犯罪嫌疑人的法，但程序至上的立法和司法原则在法理上是如何形成的，还需要法律和司法界乃至整个社会深思和检讨。
程序就是“方法论”，是处理和解决问题和矛盾的方法和规制。人治与法治最大的区别在于：人治是依据个人和长官意志及其思维方式和经验看待、处理和评判问题;法治是处理问题的方法法定，即程序法定。任何的个人经验无疑是有局限的，但任何的方法也都是有缺陷的，法律永远都不是万能的上帝。法定了的方法，既法律，其所能做到的是尽量从统计意义上和整体上去接近、发现客观真相，这与让个案接近客观事实真相是完全不同的概念。没有绝对的人治，也没有绝对的法治，而且法律终究也要靠人去执行，这个世界原本是人在治理。但我们必须认识和明确的是：人治和法治原本并不矛盾，程序由人制订，是经过实践检验的普识性经验的法定;个人经验和意志服从于法定经验(程序)，在法定程序框架下张扬，这样才能让程序和法官的自由裁量以及心证得以相得益彰，并促进程序的完善和发展——程序本质上是经验的积累。
如果设定实体绝对公正是人类社会追求的共同目标，而按照辩证唯物主义的观点，绝对公正是一种难以企及的理想化目标，也是没有标准可以参照和衡量的。因为，司法无法再现已经发生的案件事实，审判根据各类证据综合评定所认定的法律事实与真实的历史事实往往存在不同程度的差异，而且法律事实无法自证其符合已经发生的客观事实，实体公正因其无法自证而没有逻辑上的意义，只有程序本身才是唯一可供遵循的现实原则和可供参照的现实客观标准。于是，便产生了程序，而法定程序也无法确保实体的绝对真实和公正，它只能通过程序设定的不断完善、细化，建立起有效而科学的方法和程序，去努力地、尽可能地发现、接近和探究真实，并尽最大可能避免出现绝对的不公正。程序的功用在于尽量避免和遏止主观臆断性和自由裁量性的肆意张扬，以实现统计学意义上的不客观公正性最小化和客观公正性最大化，而不是以实现每一个具体个案的实体公正为目的。所以，在人类社会的法治进程中，程序从首先作为实现个体公正的手段和方法嬗变成法治的最高价值取向。这样，程序公正原则在法治社会得以彰显。譬如，刑讯逼供作为人类社会统治者使用了几千年的方法，其存在对于社会统治具有很大的合理性，是一种最直接和最具效率，最节约司法成本的方法，但因为其无可避免地产生冤狱和错案，导致绝对不公正，已为所有现代法治国家所摒弃，人类社会的司法理念也因此而从“宁可错杀三千，不愿放走一个”的司法功利主义原则过渡到“宁可放走三千，不愿错杀一个”的司法公平原则，使人类社会迈入了现代司法文明时代。
所谓法治，就是设立科学、民主的程序和方法(立法)，也就是设立一种公平合理的“游戏规则”，然后遵照这种统一的规则去玩游戏(包括司法、行政和民间往来)。古人云：“徒法不自行”。实体的法律不能自己执行，而必须通过法定的程序，程序就是实体的“双腿”。在英美等西方判例法国家，正是因为其程序法的趋于完备，才使得判例法成为可能，其实体法很大程度上只表现为一些宪法性原则和理念。程序变得至高无上，刑讯逼供所获得的证据被视为“毒树之果”而不被采信。
从层面上讲，程序法是为实体法服务的，但从深层次上讲，程序法是对实体法的归纳和上升。程序的强化和完备，必然带来实体的弱化，是一个此消彼长的关系。法律在实体上规定，要对犯罪嫌疑人客观、公正地审判，如何实现这一实体上的司法目标?通过程序来实现。于是我们制定的刑事诉讼(程序)法，规定一般情况下，要公开审判而非秘密审判，目的是要接受社会监督，确保审判的公正性;给公诉人指控的权利，也给嫌疑人辩护的权利;给一方举证的权利，又给另一方质证的权利;双方都有辩论和向法官作最后陈述的权利;双方有上诉或抗诉的权利和申请回避的权利等等。这些都是从程序上确保案件实体的客观和公正性。如果损伤了这些程序，公正又从何而来?遗憾的是，尽管法学理论界、司法实务界和立法界都明白程序的重要性，但都未能在思想认识上真正确立程序至上的原则，从观念上难以摒弃实体主义和功利主义。因此我国的程序法处处体现出实体至上、程序服从实体的原则。刑事诉讼法及其司法解释中渗透着许多实体和心证内容，从而弱化了程序。在刑事案件上，为了获取证据，公安机关可以通过内部请批的方式，多次延长对犯罪嫌疑人的羁押期限达数个月;检察机关在批准逮捕时，发现证据不足时不是立即解除对嫌疑人的羁押予以释放，而是可以对案件反复退侦而不解除羁押;案件起诉到法院后，法院开庭审理后发现嫌疑人构成犯罪的证据不足，不是按照无罪推定、疑罪从无原则，宣判被告人无罪释放，而是允许，甚至动员检察机关撤诉，撤诉后再补充证据再起诉，期间对嫌疑人继续关押(有的案件达到10年);检察机关以一罪名起诉，法院发现该罪不能成立，法院如果发现被告人有其他罪，可以更改罪名进行判决，或者动员检察机关撤诉再以另罪起诉。在西方法制国家，犯罪嫌疑人有沉默权，所以，侦查机关对嫌疑人实施刑事拘留和逮捕时，必须事先获得嫌疑人构成犯罪的相对充分的物证(效率最高的证据)，而我国对刑事案件的侦查则首先从口供开始，在没有掌握任何具有针对性的证据的情况下，对一些案发当地调查了解到的有作案条件和可能以及在公安机关有不良记录的所谓“对象”一个个传唤讯问，搞“排查”，口供中发现疑点就马上留置或者拘留进一步审讯，然后再根据嫌疑人的口供去寻找物证，有些杀人案件甚至在物证无法提取或与口供自相矛盾的情况下，仅凭口供定案;离开了口供，刑事案件几乎无法侦破。由于沿袭这种简单但有效、节省侦查资源的古老破案方式，导致我国的技术侦查水平几乎没有什么进步，与国外的差距越拉越大。只有司法对口供如此的信奉，就无法避免冤狱的形成，刑讯逼供的问题无法杜绝，出现杜培武以及佘祥林那样的重大冤案不是偶然。
我们所要做的是，要完善我们的程序立法，严格按照程序司法，在立法和司法过程中都要摒弃实体功利主义思想顽固而潜移默化的影响，这样才能让我们的程序完善和健全起来，让程序来引导我们走向可以预期的公平和正义，让程序理念来取代“包公理念”。
