非典疫情的爆发是我国改革开放以来最严重的一次公共卫生突发事件，它给中国政府带来了极大的挑战，也同时带来了继续推动政府管理体制改革的新的契机。非典疫情带来的挑战涉及到许多方面，尤其是对政府的危机处理能力和公信力提出了严重的挑战，也激发我们从更深的层面来认识我国政府管理体制存在的体制性问题。
我国政府管理体制长期存在着一些明显的问题，例如：通过自上而下的各项任务指标来贯彻上级的意图和政策，以完成特定时期的特定指标为激励机制；轻视制度化和法治化建设，法律和行政监督不力；各级政府官员对上责任有余对下责任不足，造成官员缺乏社会责任感，滥用自由裁量权，欺上瞒下，虚报政绩。另外，由于各级政府和政府部门之间法律责任不清，政府和部门之间的协调和配合往往需要靠政治手段和讨价还价的机制来整合，造成政府间和政府部门间的协调配合不畅通。这样一种体制实际上还是带有过去动员型特征的执行体制，而不是合理合法和科学有效的现代政府管理体制，因此，在非典疫情发生的早期，各级政府在处理这一前所未见的突发事件中出现了严重失误，殆误了非典防预的大好时机，造成疫情大面积扩散，由于对疫情信息的封锁，造成了政府公信力的危机和社会的恐慌。痛定思痛，政府应该加强推动政府管理体制的改革，建立完善的现代科学的政府管理体制。
从80 年代开始，我国就开始认识到转变政府职能的重要性，但在几届政府推动的改革中，由于涉及到多方面的利益关系，政府职能转变虽有进展，却一直没有能够达到预期的目的。这次非典危机无疑为我国进一步推动政府职能转变提供了时机。危机和挑战使政府和社会各方在彻底转变政府职能和建立现代政府管理体制方面更容易达成共识，应该抓住这一时机，深入开展政府体制从管制型体制向责任型和服务型体制转变。
政府在非典疫情爆发初期担心信息公开造成恐慌而采取隐瞒信息的办法，这种处理方式是与政府以往管理体制和管理思想一致的。但是，面对新的国内国外的形势，非典疫情的信息不公开，反而产生了更大的危害。现在，这一认识应该说在政府和社会中已经达成广泛共识。政府信息最大程度地透明化已经是民主国家和开放社会的一个重要标志。只要能够处理好政府信息公开的技术性问题，信息公开只会更有利于政府与社会的合作，更有利于政府树立良好的形象，增强人民对政府的信任。
突发的公共事件和灾难往往给广大人民带来生命财产的损失和危害，并会给广大人民带来沉重的心理打击，进而危害正常的经济和社会生活。如何有效地处理突发性公共事件和灾难是一个良好政府管理体制的重要标志之一。西方发达国家长期以来逐渐建立起了一整套完善的政府危机处理机制，从小的交通事故到大的突发性公共灾难都形成了系统化和制度化的应变机制和能力。这是为什么美国发生9.11恐怖袭击事件时美国政府能够在短期内尽量减少事件所带来的灾难性后果和影响。这些方面的经验是值得我们借鉴的。非典疫情的爆发虽然看来是一场自然灾害，但是由于它是还不为人知的病毒对人类的袭击，其实际效果不亚于一场大规模的“恐怖袭击”。中国政府在后阶段的非典防治中采取了果断的措施和周密的部署，取得了好的效果，但从长期的战略上还有许多的事情需要做。除了建立行之有效的公共危机处理机制，使之系统化制度化之外，还应该在政府体制之外, 培育和建立社会组织体系，激励和配合政府管理工作。例如，发展从事公益事业的非政府组织，如慈善组织和其他专业团体，为需要的社会群体提供物质和心理帮助；提倡对社会的奉献和关爱精神；通过相关的政策（如税率政策和减税政策），激励有能力的经济组织和个人对社会捐献，帮助遇到困难的人和家庭渡过难关。
中国的媒体因受体制的约束在疫情的早期没有很好地发挥作用。当中央政府采取断然措施之后，媒体在公布疫情信息、宣传防治方法、组织专家咨询和报道一线医务人员等方面做了不少的事。媒体是老百姓获得知情权的一个重要渠道，同时也在如何引导社会情绪发展方面具有重要地位。如何在保证老百姓知情权的同时不引起社会过渡恐慌方面是新闻媒体面对的一个问题，美国（洛杉矶时报）和香港的一些媒体已经有这方面的讨论。我们的媒体似乎还没有注意到这方面的问题。媒体是一个能够对社会产生巨大影响的相当特殊的行业，这要求媒体从业者要有良好的专业精神和职业道德，敏锐的观察力和社会责任感。在我国媒体走向更开放的道路中，媒体从业人员应该不断提高上述各方面的素养，才能在这一过程中发挥应有的作用。
中国政府在后来的非典防治工作中表现出了坚定的信心和非凡的努力，所取得的成果举世瞩目。但是，这次非典疫情所产生经验教训也是多方面的。除了尽快建立良好的政府危机处理机制之外，进一步推动政府管理体制的根本性改革也是十分必要的。现行行政执行体制仍然存在着一些有待解决的弊端。例如，只重视行使行政权，不重视承担行政责任；对行政执行的监督机制也存在着许多的制度缺口；外部监督尽管主体众多，但因为监督权和监督程序界定不清晰而难以形成有效监督；行政监督由于上下级利益的关联性所形成的互惠责任关系使得监督常常失灵；专门监督虽然建立了许多制度，但因为行政依附关系没有解决而受到制约。要从根本上解决这些问题，必须强化公民权利，建立制度完备的责任型政府管理体制，强化缺失的政府责任，强化缺失的政府监督机制。
根据我国目前国情和制度条件，尽快建立和健全政府责任体系是完全必要的，也是完全可行的。首先，应该强化政府的政治责任，建立政府官员承担与职权相应的政治责任制度。应该根据政府官员所承担职权和责任的不同，实行政务官和事务官的合理分离。由于各级人大选举或决定产生的行政首长具有特殊的政治地位和法律地位，这些官员应该比一般公务员承担更多的责任。很有必要。为使政治责任制度能够真正发挥作用，需要在该制度的原则上创立和设置具有操作性的具体制度，如引咎辞职、责令辞职等比较容易实施的政治责任制。同时，也应该进一步健全所有公务员因违法渎职等行为而受到行政处分和刑事处罚的制度，建立行政机关和公务员因轻微违法失职或官僚主义等而向公民、法人赔礼道歉的责任制度。
第二，针对准动员型行政体制的弊端，应该明确废止政治动员式的行政执行方式，严格执行“依法行政”和实施行政执法责任制。改革任务指标式的行政执行评估体制，改变主要考核经济指标和其他单项指标的评估办法，建立科学的行政绩效评估体系。防止任务指标执行模式带来的负效应。
第三，应该进一步强化对行政权力的监督机制，大力增强监督的独立性、公开性和民主参与程度，尤其是建立公民知情权制度，通过民众的广泛参与，沟通政府与民众的关系，揭露消极腐败现象，促进公共管理的公正性，公开性和效率性。
第四，要大力提高公务员尤其是基层公务员的责任意识、法治意识和综合素质。要制定公务员依法行政培训规划和年度实施计划，使广大公务员真正能够在依法行政的基础上思考问题和解决问题。并通过定期培训、执证上岗等有效措施，不断提高公务员处理公共事务的综合素质。
