蔡元培在少年时期，已名动公卿，曾被常熟籍的宰相翁同龢称赞：“年少通经，文极古藻，隽才也。”
刘晓钢先生在实用文源流的研究中说：“到蔡元培的《论国文之趋势》、《国文之将来》，便正式把文章分为实用文和美术文(即艺术文)两大类，开始创立独立的实用文理论了。”
傅斯年：大凡中国人以及若干人，在法律之应用上，是先假定一个人有罪，除非证明其无罪；西洋近代之法律是先假定一人无罪，除非证明其有罪。蔡先生不特在法律上如此，一切待人接物，无不如此。他先假定一个人是善人，除非事实证明其不然。
周作人和蔡元培是同乡，他“从小时候就听人说蔡元培是一个非常的古怪的人，是前清的一个翰林，可是同时又是乱党。家里有一本他的朱卷，文章很是奇特，篇幅很短，当然看了也是不懂，但总之是不守八股的规矩，后来听说他的讲经是遵守所谓公羊家法的，这是他的古怪行径的起头。他主张说是共产公妻，这话确是骇人听闻，但是事实却正是相反，因为他的为人也正是与钱玄同相像，是最端正拘谨不过的人。他发起进德会，主张不嫖，不赌，不娶妾，进一步不作官吏，不吸烟，不饮酒，最高等则不作议员，不食肉，很有清教徒的风气。他是从佛老出来，经过科学影响的无政府共产，又因读了俞理初的书，主张男女平等，反对守节，那么这种谣言之来，也不是全无根据的了。可是事实呢，他到老不殖财，没有艳闻，可谓知识阶级里少有人物。我们引用老辈批评他的话，做一个例子。这是我的受业师，在三味书屋教我读《中庸》的寿洙邻先生，他以九十岁的高龄，于去年逝世了；寿师母分给我几本他的遗书，其中有一册是《蔡孑民言行录》，书面上有寿先生的题字云：‘孑民学问道德之纯粹高深，和平中正，而世多訾嗷，诚如庄子所谓纯纯常常，乃比于狂者矣。’又云：‘孑民道德学问集古今中外之大成，而实践之，加以不择壤流，不耻下问之大度，可谓伟大矣。’”
杜威评论蔡元培：“拿世界各国的大学校长来比较，牛津、剑桥、巴黎、柏林、哈佛、哥伦比亚等，这些校长中，在某些学科上有卓越贡献的不乏其人。但是，以一个校长身份而能领导那所大学，对一个民族，对一个时代，起到转折作用的，除蔡元培外，恐怕找不出第二个。”
汪原放说：蔡元培道貌温言，令人起敬，吾国之唯一人物也。
冯友兰说：蔡元培是近代确合乎君子的标准的一个人。曾子说：“可以托六尺之孤，可以寄百里之命，临大节而不可夺也。君子人欤，君子人也。”儒，“粥粥若无能”，但是“可亲而不可劫也，可近而不可迫也，可杀而不可辱也”。“身可危也，而志不可夺也”。这样的人，才是君子。孔子说“君子可欺以其方，难枉以非其道。”冯说，蔡先生的人格，是儒家教育理想的最高的表现。
傅斯年说：“蔡元培先生实在代表两种伟大文化：一曰，中国传统圣贤之修养；一曰，西欧自由博爱之理想。此两种文化，具其一难，兼备尤不可觏。先生殁后，此两种文化，在中国之气象已亡矣！”
1943年3月5日，周恩来领导的《新华日报》发表了一篇题为《怀念蔡孑民先生》的社论，指出：“北大是中国革命运动史上、中国新文化运动史上，无法抹去的一个名词。然而，北大之使人怀念，是和蔡孑民先生的使人怀念分不开的。蔡先生的主办北大，其作风，其成就，确是叫人不容易忘怀的，确是对于中国的革命事业有很大的贡献的。”
北大师生至今仍深情追还着蔡先生的人格力量，说他“对人接物，一个是尊重他人的人格，决不愿意以自己的语言和行动使人感到一点不快和不便。一个是承认他人的理性，以为天下事无不可以和平自由方法互相了解或处理”。
林语堂1967年在《想念蔡元培先生》一文中说：“蔡先生就是蔡先生。这是北大同仁的共感。言下之意，似乎含着无限的爱戴及尊敬，也似乎说天下没有第二个蔡先生。别人尽管可有长短处，但是对于蔡先生大家一致，再没有什么可说的。”
梁漱溟深有感慨地说：“蔡先生的了不起，首先是他能认识人，使用人，维护人。用人得当，各尽其才，使每个人都能发出自己的热和光，这力量可就大了。”
郭沫若说过：“影响鲁迅生活颇深的人，应该推数蔡元培先生吧。这位精神博大的自由主义者，对于中国文化教育界的贡献十分宏大，而他对鲁迅先生始终是刮目相看的。鲁迅的进教育部乃至进入北京教育界都是由于蔡先生的援引，一直到鲁迅的疾殁，蔡先生是尽了他没世不渝的友谊的。”
蒋梦麟评论道：“先生日常性情温和，如冬日之可爱，无疾言厉色。处事接物，恬淡从容，无论遇大观推刃或引车卖浆之流，态度如一。但一遇大事，则刚强之性立见，发言作文，不肯苟同。故先生之中庸，是白刃可蹈之中庸，而非无举刺之中庸。”
任鸿隽说：“在公义一方面，蔡先生却是特立不屈、勇往直前、丝毫不退、莫不假借的斗士。”
林语堂认为蔡元培“软中带硬，外圆内方”。
曹建称蔡元培“骨子里却洋溢着刚劲不挠的气概”。
陈西滢评价蔡元培是“当代最有风骨”的“大丈夫”。
蒋梦麟《试为蔡先生写一笔简照》提出：“先生做人之道，出于孔孟之教，一本于忠恕两字。知忠，不与世苟同；知恕，能容人而养成宽宏大度。”
黄炎培则以“有所不为，无所不容”八字概括老师蔡元培：“盖有所不为，吾师之律己也；无所不容者，吾师之教人也。有所不为，其正也；无所不容，其大也。”
辜鸿铭对罗家伦说：“现在中国仅有的两个好人，一个是蔡元培先生，一个是我，蔡先生点了翰林之后，不肯做官而跑去革命，到现在还革命。我呢？自从跟张之洞做了前清的官，到现在还保皇。”
冯友兰说：我在北京大学的时候，没有听过蔡元培的讲话，也没有看见他和哪个学生有私人接触。他所以得到学生们的爱戴，完全是人格的感召。道学家们讲究“气象”，譬如说周敦颐的气象如“光风霁月”。又如程颐为程颢写的《行状》，说程颢“纯粹如精金，温润如良玉，宽而有制，和而不流，……视其色，其接物也如春阳之温；听其言，其入人也如时雨之润。胸怀洞然，彻视无间，测其蕴，则浩乎若沧溟之无际；极其德，美言盖不足以形容”。（《河南程氏文集》卷十一）这几句话，对于蔡元培完全适用。这绝不是夸张。我在第一次进到北大校长室的时候，觉得满屋子都是这种气象。
罗家伦赞誉蔡元培说：“千百年后，先生的人格修养，还是人类向往的境界。”
北大哲学系教授韩水法在《世上已无蔡元培》中感叹：无论想做而做不成蔡元培的，想寻而觅不得蔡元培的，或者简单地想以蔡元培来论事的，都面对着一个不乏讽刺意味的事实：时至今天，就中国大学的改革和发展来说，蔡元培依然是一座可望而不可及的高峰。世上已无蔡元培！
