围湖造田会导致湖泊湿地面积减小，湿地的环境功能下降，导致水旱灾害加剧，生物多样性受损等。
1、洪涝灾害加剧
天然的湖泊具有调蓄功能，当干流是水量增加时，湖泊会吸纳干流的水，造成湖泊的水量增加，从而减少干流洪峰流量;当干流水量减少时，湖泊中的水会流入干流中，补充干流水量。湖泊的这种作用可以起到防涝抗旱的作用。然而围湖造田后，湖泊面积萎缩，湖容减小，使得基本丧失了原有的调蓄功能，严重减弱湖区的调蓄抗灾功能，以致汛期渍涝灾害频繁、低湖田土壤环境恶化，效益下降。
2、生物多样性受损
围垦使水禽赖以生息的大片芦苇、荻丛环境遭到破坏，使水生动、植物种类发生变化，有些种群几乎绝迹，使生物多样性受损。生物多样性的意义重大，是人类社会赖以生存和发展的基础。我们的衣、食、住、行及物质文化生活的许多方面都与生物多样性的维持密切相关。
1) 首先，生物多样性为我们提供了食物、纤维、木材、药材和多种工业原料。
2) 生物多样性还在保持土壤肥力、保证水质以及调节气候等方面发挥了重要作用。
3) 生物多样性在大气层成分、地球表面温度、地表沉积层氧化还原电位以及pH值等方面的调控方面发挥着重要作用。
4) 生物多样性的维持，将有益于一些珍稀濒危物种的保存。
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