现阶段，我国财政体制呈现“支出高度分权，税收中央集权”的显著特点。一方面，地方政府拥有较高的支出安排权，这符合经典财政分权思想，能够提高财政资金的使用效率。另一方面，中央政府拥有较强的国家治理能力和财权，能够激励和约束地方官员，平衡各地区财力差距，在关乎国计民生的方面，可以集中财力“办大事”。从分税制改革至今，这样的财政分权模式成为加强我国整体经济建设、提高综合国力和人民生活水平的一项重要的基础性财政制度。但是随着经济、社会的发展，制度运行的负面效果逐渐呈现出来。
虽然转移支付弥补了财权与事权失衡所带来的财力缺口，但是随着财权逐渐集中，事权逐渐下放，地方政府对转移支付的依赖程度不断加深。1994—2012年，转移支付占地方政府财政支出的平均比重约为40.5%。近年来，该指标还在增长，部分贫困地区的依赖程度更大。如此大规模、多种类型的转移支付，将会对地方政府行为带来负面影响，值得引起人们的关注。
首先，为了获得转移支付，地方政府往往会高估地区财政支出需求，向中央政府申请更多的转移支付。地方政府在实际支出时，又往往有意将资金投入非生产性方面。在信息不对称的条件下，中央政府难以做出准确判断，导致地方政府为了获得更多的转移支付资金，而“跑部钱进”。
其次，根据转移支付的性质，可以将其分为“税收返还”、“财力性转移支付”和“条件性转移支付”三类。“税收返还”是分税制改革特有的转移支付项目，分配规则较为严格，不仅能被地方政府准确预计，而且可以自由支配，这类转移支付和自有收入的性质相同。“财力性转移支付”的主要功能是平衡地区财力差距，虽然地方政府可以自由支配，但是该项资金难以准确预测，年份之间的关联程度不高，可能会造成“粘蝇纸效应”，导致支出效率下降。“条件性转移支付”包含的项目较多，限制最为严格的是“专项转移支付”。虽然从账面上看，“条件性转移支付”属于地方财政收入，但是中央政府拥有很大的控制权，地方政府只有部分支出权。这在本质上违背了财政分权的理念，因为拥有信息优势的地方政府无权安排财政支出，而缺乏信息的中央政府却安排具体的财政预算。虽然这样做能够完成中央政府的目标，但同时也会造成支出效率的下降。
再次，由于转移支付的申请和监管等较为严格，地方政府为了减轻对转移支付的依赖和束缚，积极寻求自有财政收入的提高。这主要表现在地方政府重视生产性支出，轻视福利性支出。生产性支出有利于提高本地区的资本回报水平，吸引外部资本的流入，进一步提高本地区的经济增长速度，增加财政收入。此外，地方政府还积极扩大预算外收入，尤其是土地财政收入。土地作为一种固定生产要素，对税收的敏感程度较低。通过出让土地使用权获得财政预算外资金，追加基础设施建设投资，进一步提高资本回报率，吸引资本，土地使用的需求量又会扩大，土地出让金也随之提高。这样，地方政府的财政就进入一个循环往复的阶段。
总之，分税制改革以来，中央政府在上收财权的同时，不断下放事权，导致地方政府事权和财权的不匹配程度逐渐加大，作为补偿，转移支付下事权与财力的再匹配成为政策取向。但目前转移支付制度对地方财政收支行为带来的负面影响，不容忽视。
