21世纪以来，全球恐怖袭击主要集中发生在中亚和南亚地区，基于民族分离主义而演变的恐怖活动，严重影响了南亚地区各国政治发展与民族融合的进程，给南亚各国政府带来了严峻挑战，也严重影响和毒化了南亚地区的安全环境。
暴力组织和恐怖主义成为南亚民族分离主义两个最主要的特征，也是南亚恐怖主义活动的重要原因之一，更是诱发南亚地区冲突与动荡的重要根源之一。
一、民族分离主义是加剧南亚恐怖主义猖獗的“催化剂”。
目前世界上三分之一的恐怖组织是由极端民族主义分子组成的，民族矛盾已成为冷战后恐怖主义泛滥的主要原因之一。冷战后民族主义类型恐怖主义具有分离性、宗教性和危害性大等特征。
在南亚，从民族分离运动发展成恐怖主义，由于其具有反对民族歧视与不平等待遇的内涵，因而得到了南亚一些国家的同情甚至支持，因其具有一定的迷惑性，而使南亚地区部分民众混淆了对民族主义与民族分离主义的认识，从而给南亚各国打击民族分离势力带来一定的难度。
冷战结束以来，因民族分离运动而引发的民族冲突导致了南亚恐怖活动异常猖獗，民族分离型恐怖主义已成为南亚地区最为普遍和危害最为严重的恐怖主义形态。
而且，冷战后的南亚民族分离主义运动更多地表现出了消极的一面。一些极端民族主义者往往置历史与现状，以及其他民族的利益于不顾，甚至在政府作出很大让步的情况下，仍坚持其极端要求并继续制造恐怖事件，从而破坏了南亚地区国家结构与国际社会的安宁。
在南亚地区，民族分离主义情绪的高涨与宗教因素的强化相伴交替作用，南亚恐怖主义与南亚民族分离主义和宗教极端主义呈现出了合流的趋势，直接刺激了南亚恐怖主义活动的猖獗，并导致南亚各国政府反恐效果不佳。
南亚地区民族主义与宗教联系也相当紧密。由于宗教文化构成了有宗教信仰民族的主体文化，在那些宗教势力占国家主导地位、宗教影响极深的民族中，民族意识的觉醒从一开始就与宗教传统保持着血肉联系。民族主义往往借助宗教作为思想武器来发展、壮大自己。南亚地区既有以争取民族利益为主的民族冲突，又有民族宗教矛盾交织在一起的民族宗教冲突。
另外，南亚恐怖主义组织与民族极端组织——“基地组织”（卡伊达）联系密切，恐怖主义在南亚地区的影响不断扩大。由于复杂的历史与社会原因，印度境内的恐怖组织与国内种族、“基地组织”等交织在一起，又与更加复杂的国际恐怖组织相结合，为印度暴力活动不断升温创造了适宜的温床。印度尽管在打击恐怖主义方面长期拥有较丰富的经验，但是，在反恐战争中印度却以失败而告终。
二、民族因素与南亚恐怖主义的关联性。
南亚恐怖主义的产生有其复杂的国际政治背景和社会、民族、宗教等方面的因素，但南亚某些国家民族矛盾的加深直接导致了南亚恐怖活动的加剧。近年来，随着南亚民族主义的兴起，种族清洗、原教旨主义和恐怖主义等相伴而生，严重影响了南亚地区政治与社会的进程，不利于南亚地区各民族融合的发展。
印度和巴基斯坦两国因克什米尔民族归属问题长期争执不休，双方敌对情绪一直没有减弱，成为影响印、巴双边关系发展的重要原因之一。印度东北部的米佐人在印度以语言划分边界的时候，也提出单独建邦甚至单独建国的要求。印度指责并抗议巴基斯坦支持米佐人反对印度。
同时，印度旁遮普的锡克分离主义问题已经严重影响了印度国内以及印、巴东部边境地区的安全态势。印度指责巴基斯坦支持这些极端分子在印度从事恐怖活动，而巴基斯坦方面则拒绝承认，从而导致印度与巴基斯坦双方在东部边境地区冲突不断。而且，这些锡克民族分离分子与克什米尔武装分子联系密切，他们联手在南亚西北部地区制造了多起暴力恐怖事件。给印、巴边境地区的安全局势带来了严重冲击，也严重威胁到南亚西北地区的安全局势。
巴基斯坦是一个由多民族组成的国家。巴基斯坦作为一个穆斯林大国，贫富差异、民族之间和宗教内部分歧的各种社会矛盾十分严重、且更为复杂。巴基斯坦普什图部落地区的治理状况，既是影响巴基斯坦反恐斗争的最主要因素之一，也是推动巴基斯坦反恐斗争走向的直接动力。
由于南亚地区民族矛盾并没有得到及时、公正的解决，民族恐怖主义给南亚国家带来了严峻挑战，政府出台的传统反恐政策以及南亚各国政府在处理民族问题上的政策失误等等，使这些民族矛盾长期日积月累，刺激了南亚恐怖主义情绪，助长了南亚恐怖分子的气焰，可能产生广泛的支持叛乱或民族分离主义运动，直接为南亚恐怖主义活动推波助澜。
而且，恐怖主义与民族分离主义等不断融合，致使南亚地区各民族矛盾日趋紧张，恶化了南亚地区的安全局势，耗费了南亚地区国家大量的人力、物力、财力，也进一步拉大了南亚地区经济发展不平衡的差距。
民族分离主义的产生与民族国家建构中民族结构上的非均衡性和文化上的非均质性，以及民族自决权原则密切相关。民族分离主义的现实表现和后果更进一步说明，人类应该以更加理性的方式处理民族问题。而各种极端思潮特别是极端民族主义与宗教极端主义相结合，已成为南亚地区恐怖主义泛滥的主要根源。民族极端主义激化导致南亚反恐局势“越反越恐”。
因此，南亚各国政府在反对一切形式的恐怖主义的同时，特别要反对将恐怖主义问题与特定民族与宗教相挂钩。只有南亚各国政府致力于标本兼治，建立公正合理的国际新秩序，推动社会公正与公平，各民族才能摒弃嫌隙、求同存异、和平共处，才能形成合力，共同努力打击恐怖主义。南亚各国应求同存异，寻求打击民族分离主义及恐怖主义活动的国际共识，应通过有效政策促进民族贫困地区的经济发展，消除和切断滋生恐怖主义的经济根源，摆脱贫困落后状态。
恐怖活动给南亚各国的稳定和发展带来了巨大的威胁，但在合作反恐方面又为南亚相关国家提供了相互合作的空间。加强南亚地区各国间的双边或多边合作，成为有效打击恐怖主义活动的必要条件，而地区合作又使多边合作更有意义。南亚地区各国应在反恐活动中主动交流、加强彼此间的合作，重视国际与地区间的合作，积极参与地区外的双边或多边反恐机制，主动打击各种恐怖主义活动。
