双方协议解决
对于非婚生子女抚养权的归属问题，建议最好的处理方式就是双方协商解决，如果协商一致，双方可以签订书面协议书，就非婚生子女的抚养、抚养费的给付以及探视权等问题进行约定。在有利于保护子女利益的情况下，双方也可协议轮流抚养子女。但是，如果双方无法就非婚生子女的抚养权归属等问题达成协议，那么就只能通过向法院提起诉讼来解决这个问题。
诉讼途径解决
男女双方因非婚生子女抚养权的归属问题无法达成协议而诉讼至法院，法院将从有利于子女身心健康，保障子女的合法权益出发，结合父母双方的抚养能力和抚养条件等情况来综合考虑，司法实践中法院通常会结合以下情形来确定非婚生子女抚养权的归属。
哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。对于两周岁以下的非婚生子女，考虑到孩子可能尚处于哺乳期或者更需要母亲的照顾，因此两周岁以下的非婚生子女的抚养权一般归属于母亲。但是，如果母亲一方有下列情形之一的，法院也可以判决孩子随父亲一方生活：
(1)患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的;
(2)有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的;
(3)因其他原因，子女确无法随母方生活的;
(4)父母双方协议两周岁以下子女随父方生活的，并对子女健康成长无不利影响的。
2、两周岁以上的子女，按照有利于子女健康成长的原则，优先考虑条件较好的一方。
对于两周岁以上的非婚生子女，如果男、女双方均要求取得抚养权的，那么法院会综合考虑以下因素，按照有利于子女身心健康成长的子女利益最大化原则来确定子女的抚养权归属：
(1)已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的;
(2)子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的;
(4)子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。
3、如果父亲和母亲抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活，但子女单独随祖父母或外祖父母共同生活多年，且祖父母或外祖父母要求并且有能力帮助子女照顾孙子女或外孙子女的，可作为子女随父亲或母亲生活的优先条件予以考虑。
4、对于10周岁(《民法总则》施行后改为8周岁)以上的非婚生子女，应当考虑该子女本人的意见。
如果男、女双方针对十周岁以上的未成年子女随父亲或随母亲生活这个问题发生争执的，从有利于子女的身心健康、保障子女合法权益的角度出发，法院要征求孩子自己的真实意见，因此，子女的意见将会决定哪一方取得孩子的抚养权。
二、子女抚养的其他规定
应当注意的是：离婚后，一方要求变更子女抚养关系的，双方对此不能达成协议时，应另行起诉。这是因为：这一在新情况下提出的诉讼请求，不涉及原离婚案件的离婚问题和夫妻财产的处理问题，而是出现了处理原离婚案件之时不存在(或已解决)的子女抚养方面的新情况。因此，它不是原离婚案件诉讼程序的继续，也不是对原离婚案件子女抚养问题的判决、调解协议错误的纠正，所以，应当作为新的案件另行起诉。
另外，依据《民诉320点意见》，变更抚养权、监护权的诉讼(变更之诉)管辖为：
第10条不服指定监护或变更监护关系的案件，由被监护人住所地人民法院管辖。
第4条公民的住所地是指公民的户籍所在地，法人的住所地是指法人的主要营业地或者主要办事机构所在地。
