依照刑法第二百二十五条的规定，犯非法经营罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得1倍以上5倍以下罚金;情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得1倍以上5倍以下罚金或者没收财产。
依照刑法第二百三十一条的规定，单位犯本罪的，对单位判处罚金，并对直接负责人员和其他直接责任人员依照刑法第二百二十五条的规定处罚。
司法机关在适用上述规定处罚时，应当注意以下几个问题：
1、正确认定“情节特别严重”。在司法实践中，所谓情节特别严重，一般是指非法经营数额或者非法获利额特别巨大的;造成特别严重后果的;造成十分恶劣影响的;对国民经济和社会安定造成严重破坏的，等等。
2、要注意适用财产刑。刑法明确规定本罪的罚金数额为违法所得一倍以上五倍以下，刑法 了在经济上予以重罚的立法精神。因此，司法机关要注意刑法处或者单处财产刑，从经济上制裁犯罪分子刑法
3、根据全国人大常委会关于惩治骗取外汇、逃汇和非法买卖外汇犯罪的决定第四条第一款的规定刑法在国家规定的交易场所以外非法买卖外汇刑法扰乱市场秩序，情节刑法的，依照刑法第二百二十五条的规定刑法以非法经营罪定罪处罚⑦。
4、根据“两高的解释，⑧违反国家的预防、控制突发传染病疫情等灾害期间有关市场经营、价格管理等规定，哄抬物价、牟取暴利，严重扰乱市场秩序，违法 所得数额较大或者有其他严重情节的，依照刑法第二百二十五条第(四)项的规定，以非法经营罪定罪，从重处罚。
5、按照上述两高、一部《办理非法经营国际电信业务犯罪案件联席会议经纪要》⑨的意见，获得国际电信业务经营许可的经营者(含涉港澳台电信业务经营者)明知他人非法从事国际电信业务，仍违反国家规定，采取出租、合作、授权等手段，为他人提供经营和技术条件，利用现有设备或另设国际话务转接设备并从中营利，情节严重的，应以非法经营罪的共犯追究刑事责任。
