存疑不起诉又发了批捕证不一定是合法的，如果是存疑不起诉，公安机关发现新的证据足以认定犯罪，可以重新移送审查起诉。如果不是同一事实，而是其他犯罪事实，当然可以立案侦查。是不是合法，要看事实与证据，可以咨询律师或向办案机关提出异议或向检察院申诉反映。
存疑不起诉是检察机关依法对案件作出的刑事诉讼程序的终结的决定。存疑不起诉案件应结合《刑事诉讼法》第143条的规定正确理解“存疑不起诉”。根据《刑事诉讼法》第143条规定：“不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他所在的单位。如果不被起诉人在押，应当立即释放。”该条明确规定了检察机关因案件证据不足不起诉，是对案件作出的最终决定。这就说明检察机关决定“存疑不起诉”，是因为不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任，而对案件侦查终结作出终止或者终结的决定。实质上是人民检察院通过刑事诉讼法赋予的侦查手段，对犯罪嫌疑人进行刑事侦查，无法证明犯罪嫌疑人有犯罪事实而作出的最终确认。
作出存疑不起诉决定，是没有证据证明嫌疑人有犯罪事实而作出的无罪结论。此种情况下，如果检察机关仍然推定被不起诉人实际上有犯罪事实，只是尚未侦查出证据加以证明，那就与《刑事诉讼法》第6条规定的以事实为根据的基本原则相悖。
“存疑”并不是指批准逮捕时没有任何证明犯罪事实的证据，而是指仅凭侦查来的这些证据不足以定罪。《刑事诉讼法》第137条、第140条、第141条都明确规定：检察机关提起公诉的案件必须是犯罪事实已经查清，证据确实、充分;对于补充侦查的案件，经审查仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。有部分证据证明有罪，但证据不足，不等于有罪。追究犯罪，要求事实清楚，证据确实、充分，这是司法机关的责任和义务。有罪的概念应当是刑诉法意义上的有罪，即有依法定程序采集到的证据充分证明了的，并依照法定程序确定的有罪，而不是司法人员仅凭部分有罪证据作出的主观臆断和推理。换句话说，从法律意义上来讲不能证明有罪或者没有充分证据证明有罪，不符合起诉条件的，不能认为有罪，就是无罪。无罪就应当赔偿。
综上所述，存在疑惑而且没有相关的证据在法律上是不可以随便就让公民被定罪的，此时检察院就算认为对方有罪也只能放弃继续起诉，除非已经找到了新的证据去证明其有罪才能够重新确立案件并继续公诉，重复发放批捕的命令就是有效的。
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