计算净利润与现金流量所依据的理论基础不同，是净利润与现金流量产生差异的根本原因。会计的计量基础有两种，一是权责发生制，一是收付实现制，企业计算净利润时是以权责发生制为基础的，而计算现金流量时却是以收付实现制为基础。因此，企业净利润与现金流量二者之间差异形成的根本原因是计量基础的不一致。
实际工作中，二者产生差异的具体原因主要有以下几种：
1、企业通过放宽信用政策，延长信用期限等方法扩大商品销售，增加商品销售收人和利润，但同时应收账款、应收票据等债权也大量增加，这必然使企业资金被买方大量占用，增加了应收账款的机会成本。另一方面，由于增加了企业利润，会产生企业所得税、股东分红等问题，这就需要企业垫交所得税款和股东分红款，因此就造成企业现金短缺，此时净利润与现金流量之间必然产生差异。
2、存货在企业流动资产中所占比重较大，而且也是企业流动资产中变现能力最差的项目。存货增加，一方面意味着企业由于原材料购入增加而导致企业现金流出量的增加，另一方面意味着产成品等商品滞销，从而使成品资金无法及时变现，这就进一步加大了净利润与现金流量之间的差异。
3、《企业会计制度》规定计提减值准备的资产有八项，而且不同的资产减值准备计入不同的损益类账户。因此，企业如果没有按规定科学合理地计提各种资产减值准备，而是随意计提，则会使企业利润虚增或虚减，而事实上这些资产由于种种原因可收回金额已经少于其账面价值，将来的现金流入量肯定少于其账面价值，这又会造成净利润与现金流量不一致。
4、企业购买固定资产、无形资产时必须一次性支付大量现金，而根据配比原则，它们的价值却只有一部分通过计提折旧或摊销的方式计入当期损益，而且计入损益数的多少还取决于折旧方法或无形资产的摊销方法，这样在资本性支出发生的当期，就会使净利润大于现金净流量，而在资本性支出发生的以后时期，由于每期都要摊销费用，必然使净利润减少，但现金却不必再支付，这就使净利润少于现金净流量。因此资本性支出的支付、摊销及固定资产的折旧方法等也会使企业净利润与现金流量之间存在差异。
5、企业对外进行长期股权投资时，如果大多数投资都是采用权益法核算的，那么在年终被投资单位有净利润时，投资单位就可：按其所持有的表决权股份的比例计算其应享有的份额，在增加长：期股权投资的账面价值的同时，便确认为当期的投资收益，而不管：这部分收益是否已经以现金及现金等价物形式收回（事实上被投：资单位当年发放的股利一般都少于当年实现的净利润）。这样，在：确认投资收益增加的同时，会使企业净利润增加，但企业的现金流入量却并不是同比例增加。
6、企业不管通过什么渠道筹集资金，在筹资活动发生时，都会使企业现金流入量快速增加，而还本付息往往要在今后较长一段时；间内进行，所以企业因此时偿还本息而发生的现金流出量比较少，从而使企业现金净流量增加速度快于净利润的增加速度。另一方面，在筹资活动发生后的一段时间内，由于还本付息引起的现金流；出量较大，而新的筹资活动很少时，现金流出量就会大于现金流入量。而且由于利息费用数额较少，所以企业净利润减少速度较慢，这：都会使企业净利润与现金流量不同步，从而使二者产生差异。
