企业在实施财务预算管理过程中，由于对预算管理理解的片面性以及缺乏处理实务的经验，致使在财务预算管理的实施中存在不少问题和盲区，进而导致财务预算管理无法发挥应有的作用，其对于企业的意义也受到影响。
企业和企业的主管部门均认识到了全面预算管理的有效作用，并把是否实施全面预算管理作为衡量企业管理水平高低的一个标准，但对预算到底应是什么样子，如何安排和实施预算，尚缺乏深刻的理解。不少企业为了在企业管理水平认定方面能得到有关部门和单位的认同，纷纷实施预算管理，并制定了一系列有关预算管理的制度性文件。实际上，企业实施预算管理是提高企业整体管理水平的重要手段，而不是衡量管理水平高低的标准，预算管理的核心在于对企业未来的行动进行事先安排和计划，对企业内部各部门、单位的各种资源进行分配、考核和控制，以使企业按照既定目标行事，从而有效实现企业发展战略。所以，企业不能只将预算管理作为管理制度的组成部分去填补制度空白，而应将预算管理作为实施企业发展战略的具体手段，重点不在于企业有无预算管理制度，而重在预算管理是否有效实施和落实。
(二)过分重视企业的短期利益，忽视战略目标
由于部分企业在财务预算管理过程中，只重视短期活动，忽视长期发展目标，使各期编制的财务预算衔接性差，预算指标与企业长期发展战略不相适应。《指导意见》指出，企业财务预算是在预测和决策的基础上，围绕企业战略目标，对企业的资金运动所作的具体安排。可见，以企业战略目标为基础进行财务预算管理，可使企业把眼前利益与长远发展有机结合起来，促进企业的可持续发展。因此，企业在开展财务预算管理之前应明确自己的战略目标，在此基础上编制各期的预算，使企业各期的预算前后衔接，避免预算工作的盲目性。
(三)只强调财会部门的预算管理工作，忽视预算管理组织机构的完善
由于我国企业尚未具备真正有效的法人治理结构，董事会和董事长在财务预算编制过程中的参与程度较低，加之多数企业对有无必要开展财务预算管理这一问题的认识并不十分清楚和统一，所以财务预算的编制和调整工作都落在财会部门或预算小组，致使企业企业财务预算管理缺乏权威性和前瞻性，难以发挥财务预算的控制作用。为了促进企业建立健全内部约束机制，加强财务预算管理工作，企业必须结合相应的政策法规，成立预算管理组织机构，如财务预算委员会或总经理办公会，负责企业财务预算管理工作的具体事宜，并确定企业法人代表为第一责任人，切实加强领导，明确责任。
(四)只重视静态管理，忽视动态管理
在预算编制方法的选择上，多数企业对业务预算、资本支出预算和财务预算等仍采用传统的固定预算、定期预算等方法编制，所有的预算指标在执行过程中都保持不变，运行结束时将结果直接与预算指标进行比较。这种静态预算编制方法适用于业务量波动不大的企业。当企业销售量、价格和成本等因素变化较大时，静态预算指标则表现出盲目性、滞后性和缺乏弹性，难以成为考核和评价员工的有效基准。所以，企业应积极寻求科学、合理的方法，加强动态管理。例如：采用零基预算，不受现有项目的限制，能够调动各级管理人员的积极性、主动性和创造性，挖掘降低费用的潜力，有助于企业未来的发展;利用概率预算，在不确定性环境中提高预算编制的可靠性和预算值的准确性，降低预算指标的风险;实习滚动预算，不仅能够及时调整近期预算，使预算更加切合实际，而且实现了与日常管理的衔接，使管理人员始终从动态的角度把握企业近期的规划目标和远期的战略布局。在预算控制的时间选择上，我国多数企业对财务预算控制多实行结果控制。在这种控制下，实际的偏差已经形成，损失已经产生，除了调整下年度的财务预算别无他法。如果选择过程控制与结果控制相结合，则不但能实现结果控制的效果，而且通过过程控制尤其是建立企业财务预算报告制度，既能及时调整预算执行过程中出现的偏差，又能保证预算的顺利执行。
(五)只重视资金运用管理，忽视资金成本管理
企业主要以业务预算和资本支出预算为基础编制企业财务预算，非常重视成本费用预算和投资项目的资金支出安排，而忽视资金占有成本。这不仅使得资金使用效率降低，资源浪费，而且造成资金结构不尽合理，资金成本增高，财务风险加大。所以，企业必须树立资金占有的成本观，加强筹资预算工作，真正做到不因预算安排而形成资金闲置浪费，不因预算安排滞后而延误生产经营。企业应单独编制筹资预算，增强企业资金占用的成本观，提高资金使用效率和经济效益。企业通过筹资预算管理解决两个问题：一是资金筹集方式和成本;二是资金需要与偿还及时间安排。
(六)只重视制造成本法的运用，忽视成本管理方法的改进
目前，企业仍然采用传统的制造成本法计算和控制成本。虽然将成本管理与核算工作结合起来，能使成本指标与会计准则保持一致，同时对提高员工生产积极性、增强规模效应起到一定的作用，但在确定产品价格、控制未来成本方面，仍不能发挥积极作用。先进的成本管理方法如变动成本法，虽然在理论上的研究已趋于成熟，但在实践中由于管理者的认识、员工的素质等原因一直未能得到广泛运用。《指导意见》对变动成本法在预算管理中的运用具体规定如下：
第一，期间费用预算应当区分变动费用与固定费用;
第二，弹性预算是在按成本(费用)性态分类的基础上，根据本、量、利之间的依存关系编制的预算。
部分企业在进行财务预算管理过程中，主要以历史指标和过去的活动为基础，结合资金、技术和管理水平确定未来的企业财务预算指标，往往忽视对外部环境的详尽调研与预测，使很多财务预算指标难以与外部环境相适应，更难以在企业中实施。所以，加强企业财务预算管理工作，不仅要考虑内部因素，更要考虑外部环境因素，如市场占有率，竞争对手情况和客户的盈利水平等，以此来确定销售量变动范围和价格变动幅度，最终形成弹性预算，以增强应变能力和相应的指导与控制作用。
预算草案上报后，预算的审批就成为关键。预算审批是企业实施预算管理的核心内容，大多数人认为这是一个讨价还价的争论过程。实务中，大多数企业的管理层在审批预算草案时，多以预算结果满意度作为是否批准该预算的主要依据，只要预算结果在管理层可接受的满意程度之内，预算就会被批准。这实际上是形式主义在预算管理中的表现，不符合预算管理的本质要求，满意度的高低无法衡量，带有很大的主观成分，也容易产生腐败。为了使预算能真正起到细化战略管理的作用，预算的审批应注重预算草案的编制假设或编制依据是否与企业发展战略一致，预算编制的内容是否完整，预算指标的计算方法或确定原则是否与企业预算制度规定的原则和方法吻合。也就是说，预算审批应注重预算编制内容、编制过程和方法的合理性，而不能只注重预算结果。因此，在审批预算时，企业管理层应成立专门的预算管理委员会，由与预算内容有关的部门的专业人员分别从各自的专业角度提出问题，并由预算编制单位进行答辩，最终由预算管理委员会综合考虑，决定是否批准预算草案。
