在全球化经济和计算机技术高度发展的今天，预算管理已经被大家所接受并加以应用。但在应用的过程中还是有或多或少的问题，主要表现在如下。
实际工作中，有些人尤其是部门经理认为预算是争夺资源的工具；有的把预算管理当作升迁的手段，编制预算以讨好上级却不符合实际；有的由于预算管理失败就以为预算无用，只是摆设而已，在以后的工作中持消极态度；有些人认为全面预算是财务部门的事情，跟自己无关等。这些都是对全面预算管理的曲解。全面预算管理作为一种全员、全方位和全过程的管理活动，只有企业高层人员的重视是远远不够的，它还要求企业各个职能部门的中层人员和基层人员重视并参与。实际工作中的错误认识是导致全面预算管理无法在企业实施或实施效果不佳的最初动因。
2、预算编制的方法不当
预算编制是企业实施预算管理的起点，也是预算管理的关键环节。企业采用什么方法编制预算，对预算目标的实现有着至关重要的影响，从而直接影响到预算管理的效果。西方国家尤其是美国编制预算时分别采用固定预算、弹性预算、滚动预算、零基预算和概率预算等方法，不同的预算编制方法适应不同的情况。预算编制方法很多，但每一种编制方法都应该是根据企业经济活动的现状，考虑可能的企业内外部环境的变化，运用一定的预测方法进行科学预测，并进行正确决策后，进行计算（包括合理的估算）来确定预算中的各个指标的。
3、激励机制与业绩评价结合不紧密
全面预算是把企业全部经济活动的过程与结果的正式计划，用数量和表格的形式反映出来的一系列文件，也就是说，全面预算是企业总体规划的数量说明。企业预算完成得好对高层管理当局来讲是业绩，对企业的全体员工来讲，就意味着更多的付出。根据市场经济规律，更多的付出应该得到更多的回报。只有这样员工的付出才会长久，员工的这种行为才会得到正面的强化，这样的管理制度才会有效。与业绩评价有机地结合起来，实现预算管理与业绩评价的融合。然而，实践中却往往是预算管理与业绩评价相脱节，因而也不能取得良好的效果。
4、缺乏有效控制制度
全面预算就是企业总体规划的具体化和数量化的说明。全面预算所表述的是一个理想中的经济活动状态，在其实施的过程中，难免会受到很多因素的影响，有的影响是正面的，有的影响是负面的。为了确保达到企业预算所确定的目标，在预算批准后的实施过程中，还必须要建立有效的预算控制制度，以便实施有效的控制。但现实预算管理的实践中，缺乏有效预算控制制度，难以取得预算管理良好效果的不是个别现象。有些预算由于外部种种原因已无法正常执行，必须加以调整。由于控制制度没有效果，无法及时发现并提出修改预算的需求。有些由于执行人员不尽职，未能将预算执行过程中产生的问题及时向管理层加以反馈，导致错过采取措施的最佳时期。
