阿米巴组织是在企业战略规划下，为达到经营目标和发展需要而进行的组织设计，将组织划分成可以独立完成业务且进行独立核算的单元体，这将有利于公司对经营方向的把控。进行阿米巴组织划分的优势，主要体现在如下四点：
（1）打造自主经营的小集体。将企业组织划分成若干个“自主经营”的小集体，把大企业化小，同时具备规模和灵活性。
（2）内部市场化交易。内部交易，直接传递市场竞争压力，以“内部市场化”运作机制来促进企业外部竞争。
（3）全员做“老板”。促使员工从“被动执行”转变为“主动创造”的经营者，释放企业潜能，能够培养跟老板理念一致的经营人才。
（4）系统地看企业健康状况。以独立核算为基础，将经营的实际情况看清、看透、看系统，同时运用科学的组织业绩管理及业绩评价来衡量员工贡献，并实现循环改善。
传统企业的组织架构，往往指挥链较长，响应慢、执行慢，按部就班、有条不紊。这种体制适应于计划经济，或垄断条件，或高度稳定的市场状态。然而，随着移动互联网时代的开启，客户的流动性、灵活性、个性化要求企业迅速响应变化无常的市场，传统的垂直职能管理架构已呈“老牛拉车”之态势，势必需要进行革新。一种由阿米巴组织组成的扁平化组织架构呼之欲出，时代在召唤组织形态的重塑。
1.组织扁平化原则
组织扁平化是指通过减少企业的管理层级，压缩职能部门，以便使企业快速地将决策权延至企业生产、营销的最前线，从而为提高企业效率而建立起来的富有弹性的新型管理模式。组织扁平化摒弃了传统金字塔状企业管理模式，避免诸多难以解决的问题和矛盾，达到使组织变得灵活、敏捷、富有柔性和创造性的目的。它强调系统、管理层次的简化、管理幅度的增加与分权。
2.内部交易简单及核算简单原则
阿米巴组织的划分虽然越小越好，但是必须以交易简单、核算简单为前提。在划分阿米巴组织时，需要考虑在阿米巴之间的内部交易、核算办法和核算体系设计上，简便易行、易学易懂，使阿米巴成员易于接受、容易明确阿米巴的经济责任。
3.重要性与成效性原则
阿米巴组织的划分最好能够针对性解决目前组织突显的问题，以及预期在收入增加或成本费用降低等方面短期内会有显著的体现。在阿米巴组织划分过程中，还要充分考虑到各阿米巴组织的责任、权利和利益，能够清晰界定权利和义务，合理分配收益，只有这样，才能确保阿米巴经营模式在企业中顺畅运行。
“阿米巴就是将君主的权力关在笼子里，将员工的潜能释放出来！”将君主的权力束之高阁的同时就是员工潜能的极大释放，这才是阿米巴魅力的核心和企业生机的原动力，而阿米巴经营模式本身就是一个“大市场，小政府”的缩影。
阿米巴经营通过组织的扁平化和精细化的授权机制，削弱了行政权力体系，充分赋予了各阿米巴自主经营的权力；同时在阿米巴经营中，通过信息和数据的开放透明化，真正实现由下而上的可视化经营和实时纠偏、永续改善，让员工充分参与经营，企业的活力场因此而构建。阿米巴组织划分的正确标准，主要有三条：
1.实现企业发展战略
企业推行阿米巴经营模式的最主要目的，是完成企业经营目标，实现企业的飞速发展。因此，阿米巴组织划分的根本性的原则，就是要有利于贯彻企业发展战略，实现企业的战略目标。如果由于阿米巴组织的划分，导致企业的管理运营混乱，或者各个阿米巴组织“明争暗斗”，导致企业沦为一盘散沙，难以完成战略目标，那么就要调整阿米巴组织的划分思路和方法。
2.最大限度划小经营单元
阿米巴经营模式，就是最大限度地划小经营单位，衡量出每个经营单位的“人均每小时收益”，努力追求“销售额最大化，成本费用最小化”的经营效果。
当然，最大限度划小原则并不是说阿米巴组织越小越好，而是要在能够独立核算与独立完成业务的基础上最大限度地划小，而且确保阿米巴组织以最低的成本取得最大的经济效益。
3.合适的经营管理者
阿米巴领导人必须具备“追求全体员工物质和精神两方面幸福并为社会做贡献” 的明确信念。阿米巴领导人的公平无私是调动员工积极性的最大动力。
阿米巴领导人还要具备经营能力和管理能力。只有这样，才能带领全体员工在工作中找到乐趣和价值，激励全体员工为了公司的发展而齐心协力地参与经营，最终实现“人人成为经营者”。
