我国原有的制药企业医药商业渠道结构是较为复杂的，笔者认为，从制药企业角度来看，可以分为三种结构的渠道结构：
1.有自营队伍的渠道结构
有自营队伍的渠道结构基本是经销商+分销商的渠道结构。这类渠道结构中经销商主要是物流和资金层面的工作，分销商主要是药品分销层面的工作。
一般，经销商在各省基本是一层，分销商可能有几层。
2.代理制为主的渠道结构
代理制为主的制药企业，由于市场上基本没有地面管控队伍，都是依靠全国代理、省级代理等向下层层招商形成的商业机构。
这种商业结构基本上不可控的，制药企业基本不能掌控下层渠道商、各种终端数据和各种终端资源，而且，上层级的渠道商对制药企业有较大的话语权，经常变相压价或者提出更多的费用要求。
但这类商业机构中，很少有商业主动做代理的产品的品牌和市场工作，所以，很多代理为主的制药企业，品牌知名度和产品知名度都较弱，这也包括很多上市公司。
一些公司上市后才逐步被公众认知，品牌知名度才逐步上升。
代理制模式下，制药企业的利润都是比较低的，因为代理商会拼命的压榨制药企业，以获得更大的运作空间和更多的利润。
很多制药企业选择代理制，主要是为了降低自营队伍的高昂成本，同时，能较为省心的将产品行销到各个终端。
3.大包制渠道结构
大包制是很多采用控销模式的制药企业采用的一种更为多层级的渠道结构。
大包制是层层大包，最多层级达到9层（目前听说的最高层级）。
大包制是可以先有全国大包商，之后各省、之后各地市、之后各区县、之后各乡镇，这些层级中，可以一个层级出现两个大包商，比如省到地市，有很多就是两层。
大包制极大的激发了自然人的药品销售热情，因为这种模式其实是把自然人定义为“创业老板”。
大包制为主的制药企业的渠道结构中，走票、挂靠现象最为严重，因为自然人无法开具发票，只能从现有的区域商业走票。
94号文件将严厉打击自然人从事药品销售行为
《总局关于整治药品流通领域违法经营行为的公告（2016年第94号）》
为落实党中央、国务院对食品药品监管“四个最严”的要求，进一步整顿和规范药品流通秩序，严厉打击违法经营行为，国家食品药品监督管理总局决定对药品流通领域违法经营行为开展集中整治。
一、自本公告发布之日起，所有药品批发企业对本企业是否存在以下违法行为开展自查：
（一）为他人违法经营药品提供场所、资质证明文件、票据等条件；
（二）从个人或者无《药品生产许可证》《药品经营许可证》的单位购进药品；
（三）向无合法资质的单位或者个人销售药品，向药品零售企业销售疫苗，知道或者应当知道他人从事无证经营仍为其提供药品；
（四）伪造药品采购来源，虚构药品销售流向，篡改计算机系统、温湿度监测系统数据，隐瞒真实药品购销存记录、票据、凭证、数据等，药品购销存记录不完整、不真实，经营行为无法追溯；
（五）购销药品时，证（许可证书）、票（发票、随货同行票据）、账（实物账、财务账）、货（药品实物）、款（货款）不能相互对应一致；药品未入库，设立账外账，药品未纳入企业质量体系管理，使用银行个人账户进行业务往来等情形；
（六）将麻醉药品、精神药品和含特殊药品复方制剂流入非法渠道，或者进行现金交易；
（七）在核准地址以外的场所储存药品；
（八）未按规定对药品储存、运输、进行温湿度监测；
（九）擅自改变注册地址、经营方式、经营范围销售药品；
（十）向药品零售企业、诊所销售药品未做到开具销售发票且随货同行。
两票制推行，将彻底改变制药企业原有渠道结构
国务院总理李克强4月6日主持召开国务院常务会议，决定实施《装备制造业标准化和质量提升规划》，其中规定：
推行从生产到流通和从流通到医疗机构各开一次发票的“两票制”，使中间环节加价透明化。患者可自主选择在医院或零售药店购药。
11月中共中央办公厅 国务院办公厅《国务院深化医药卫生体制改革领导小组关于进一步推广深化医药卫生体制改革经验的若干意见》下发，根据意见内容，所有公立医院取消药品加成，同步调整医疗服务价格，公立医院药品采购逐步实行“两票制”。 经过94号文件，两票制和营改增，我国制药企业未来的渠道结构会发生巨大的转变，这个转变可能是多层面的，各种市场要素重新组合，渠道中的成员会逐步向专业化方向转化，不能转化的渠道成员只有面临消失结局。
中共中央、国务院发布《“健康中国2030”规划纲要》（下称《纲要》）。其中在医药产业中指出，要推进医药流通行业转型升级，提高流通市场集中度，形成一批跨国大型药品流通企业。
截至目前，国内医疗流通企业有1.3万家，估计经过3年左右的整合后，会留存5000家左右，大量的倒票、过票没有纯销的医药商业公司会倒闭。
但是，有纯销和基层渗透功能的中小医药商业企业绝对不会消失。
未来，我国制药企业的渠道结构将会形成单一化的渠道结构，单一化的渠道结构对制药企业提出了更高的市场运作要求，但同时也给很多有竞争性产品群的制药企业一个更好的发展机会。
经过政策压力形成的制药企业新的渠道结构中，渠道专业化分工会日益明显，大型医药商业负责物流、资金、配送、盘踞在各地域的纯销商业负责终端的维护、上量。
自然人，会在新的渠道结构中消失，或者被制药企业吸纳，或者被纯销商业吸纳。
既没有配送能力也没有纯销能力的医药商业企业注定会消失。
但是，新的渠道结构需要制药企业自行运作市场或者与第三方医药服务平台协作运作市场，这就要求制药企业调整营销组织结构，扩大市场部门和医学部门，构建完善的市场运作体系，以便于更好的更专业的进行市场行为，从而放大产品销售量。
