在九年一贯制学校中，小学和初中实行统一的行政、教育、教学管理，不用参加招生选拔考试，小学毕业后可直接进入初中就读。九年一贯制学校在教育公平、学生发展等方面具有明显的优越性，是教育发展的一种趋势。
然而，在农村，九年一贯制学校还有许多不尽人意的地方。例如，小学和初中在一栋教学楼，用同一套作息时间。学校管理倾向于中学，小学生跟着初中生的作息时间“跑”，对小学生的健康成长极为不利。另外，教师跨学段教学压力大。有些校长在布置教师工作任务时，只求任务落实，不讲内在规律，甚至把小学科目当成“搭载”。由于跨度较大，教师既要懂小学教育，又要懂中学教育，精力和时间难以保障。有的教师为了不“顾此失彼”，甚至把小学教学当作“副食”。
盘活九年一贯制学校，让各学段学生同步发展，需要做到“求同存异”。在管理上，不仅要寻求中小学学生的共同之处，更要考虑中小学生的差别。
首先，要设置两个独立的教学区，在作息、教研等方面“求同存异”。一方面，合理安排作息时间。小学生和初中生的生理和心理特点不同，教学内容、教学方式也存在差异，学校在作息时间上既要保证统一性，又要保证差异性。另一方面，教师集体办公、教学讨论也更方便。不同的教学区，也便于学校、教师对不同的学生开展有针对性的、有体系的教研活动。
其次，学校对教师课程安排的跨度不可太大。初中与小学在课程设置、课程要求、课时安排、教学方式、学生学习方式等方面存在明显的差异。大跨度教学，不利于教师的专业性发展，容易导致教师“瞻前顾后”。
再次，在评价方式上不可“一刀切”。一般来说，小学的评价体系侧重学生的全面发展和总体素质的提高，而中学受应试教育影响相对较大，更注重分数在评价体系中的作用。如果学校的评价方式不科学、不合理，教师的努力方向就会出现偏差。因此，学校评价教师时，既要突出综合素质，又要重视个体差异；既要注重教师发展，又要考虑其专业差异，彻底改变评价体系不科学导致的教师重视中学教学、敷衍小学教学的局面。
最后，九年一贯制学校的校长应该是小学教育和初中教育的专业人士。从现实情况来看，教育主管部门没有对九年一贯制学校的校长做专门的考核。部分校长在教育教学管理上还停留在“摸着石头过河”的状态。小学教师数量不足、层次不高、骨干不多情况较为普遍，致使九年一贯制学校“一贯”不起来。
九年一贯制学校的学生在校时间长、跨度大，这一时段也正是培养学生良好素质的重要时期，不仅考验着教师及管理人员的能力，也对学校办学模式提出了更高的要求。九年一贯制学校如果不能“求同存异”，协调好中小学关系，就难以实现同步发展。
