在最新一期《中国民族教育》杂志中，北京师范大学副教授巴战龙发表文章《从“校本课程开发”迈向“校本课程教学”》，认为校本课程建设存在不少问题，其中最大的问题是校本课程教学几乎完全被忽视了。校本课程开发活动常常终结于教材的印行和课题的结题。从此，校本课程开发相关成果就静静地躺在校史馆或展览室，供来访者参观，或者用于学校申报奖项，有时也作为课题组教师职称晋升材料。
校本课程在开发和实施的过程中确实存在一些问题，具体表现在以下几个方面：
一是急于求成。个别学校不顾学校实际，盲目跟风，开发出来的校本课程既缺乏前瞻眼光，又不受学生欢迎。
二是名利心太强。个别校长只是把校本课程的开发实施作为给学校增光添彩、为自己赚取口碑获取政绩的工具。
三是课程开发过多过滥。有些学校在开发校本课程的过程中，只图数量不图质量，虽然增大了学生的选择空间，但造成事实上的顾此失彼。
四是缺乏有效指导。在实施过程中多数学校是摸着石头过河，既缺少师资的有效培训和长期培养，又缺少相关专家的指导，大家各唱各的调，各吹各的号，表面上热闹非凡，实际效果很让人怀疑。
五是缺乏有效的评估考核。因为只是学校开发的课程，校本课程的考核评估往往被忽略了，即使进行也可能流于形式。
这些问题的存在造成一些学校开发校本课程时积极性很高，但开发出来后或者实施一段时间后，要么名存实亡，要么干脆弃置一边。浪费人力物力财力不说，可能影响到校本课程的整体形象，让社会及学校师生产生错觉，觉得校本课程不过如此，可有可无。
实际上，校本课程是新课程改革内容的一部分，需要进行顶层制度设计。校本课程一经提出，就受到学校的欢迎和支持，但因为有关校本课程的政策支持和资金保障并未明确，这就造成一方面学校拥有较大的自主权，可以想怎么搞就怎么搞，不怕有违规情形的出现；另一方面公用经费有限，用于校本课程开发和试验的资金难以保障，造成一些比较好的校本课程在实施过程中难以为继，只能半途而废。
有关部门如能及时深入调研，制定针对性较强的政策规定，对校本课程的进行规范引导，不仅能在很大程度上解决校本课程发展过程中出现的问题，还有助于新课程改革的深入推进。
