咖啡容易刺激胃酸分泌，就算不是空腹状态下饮用，也会对胃部产生刺激，空腹喝咖啡则更容易引起“胃气受伤”，影响到胃功能的消化和吸收，严重情况下会导致胃溃疡发生。
长期空腹喝咖啡还会加剧高血压症状，这是因为咖啡中的咖啡因与其他止痛剂合成复方，如果是本身就有高血压症状的人群，这些咖啡因会让病情变得更为严重，因为光是咖啡因就能导致血压上升，如果在工作压力大，精神紧张的情况下再喝含咖啡因的饮品，就更容易导致高血压加剧了。
我们的肝脏承担着排毒作用，咖啡中的大多数成分恰恰就是通过肝脏来排毒的，肝功能不全的人群或者肝病患者如果在空腹状态下喝咖啡，咖啡中的咖啡因在体内代谢时间延长，肝脏能量不足，导致负担加重，更容易对肝脏产生伤害。
空腹喝咖啡对人的心脏也容易产生影响，加重心脏负担，如果是本来心脏就不好的人群更加要留意，空腹喝咖啡会导致强烈的心脏不适感觉，尤其是喝很浓的咖啡，容易导致心脏出现问题，因此心脏不好的人群尤其要注意不要空腹喝咖啡。
