我国经过两次“利改税”后才初步建立起的能源税收制度体系，至今没有形成一个以保护环境和节约能源为主要目标，各税种、税制要素相互配合、相互联系和制约的相对独立的税制体系。缺少针对高耗能、高污染行为和产品课征的专门性税种，在国外广泛使用的能源税、碳税等本应在能源税制中起主体作用的专门性税种还未引入我国税制。不仅如此，甚至对部分出口增长过快的高能耗、高污染和资源性产品仍给予出口退税、关税减免等政策优惠。
能源税对合理利用能源，保护生态环境至关重要。在我国经济转型、产业升级换代进入关键阶段之时，能源税制改革显得越来越迫切。
目前理论界所说的能源税制主要指能源税收。从全球范围看，能源税收主要分为能源生产税、能源销售税、能源消费税、能源环境税、能源特别税五种类型。与西方发达国家不同，我国目前尚未开征专门的能源税，不是单一的能源税种，而由与能源相关的税费等共同构成一套税费合一的能源税费体系。所以，我国的能源税制属于广义上的“能源税制”。按现行法律法规，我国的能源税制不仅包括上述五种税收，还包括收益金、资产收益和行政事业性收费、行政事业性基金等。
我国的能源税制在节约和有效利用能源方面发挥了重要的作用，但起步时间较晚，体系尚不完备，能源税制缺乏统一原则和系统性。在现有能源税制下，能源资源收益分配不合理、能源产品成本不完全，能源产品价格不能反映市场供求关系。
我国经过两次“利改税”后才初步建立起能源税收制度体系，至今没有形成一个以保护环境和节约能源为主要目标，各税种、税制要素相互配合、相互联系和制约的相对独立的税制体系。各能源税收政策散见于增值税、消费税、资源税等税种中。各税种设计之初没有进行统一规划，更没有遵循统一的设计原则，使得各税种在促进节能环保的作用上功能划分不清晰，容易产生重复征税，相关规定设计零散，衔接不紧，缺乏系统性，整体性。与国外相对完善的能源税制相比，我国现行税制中缺少针对高耗能、高污染行为和产品课征的专门性税种，节能环保目标不明确。在国外广泛使用的能源税、碳税等本应在能源税制中起主体作用的专门性税种还未引入我国税制。
具体而言，我国能源税收优惠政策单一，范围相对狭窄，力度不足。税收优惠方式主要限于减税和免税，受益面比较窄，影响了税收式支出的调节效果。我国虽然对废物利用、新型墙体材料、风力发电、环保设备和技术等有一定程度的税收优惠，但范围相对较窄，力度较小，仅在增值税与所得税中对一部分能源有所体现。对新能源的税收优惠力度尤其不足，不利于其大规模开发和推广。税收优惠政策中仍存在一些“反绿色”的措施，对部分出口增长过快的高能耗、高污染和资源性产品仍给予出口退税、关税减免等政策，对某些能耗较快、污染严重的涉外企业仍给予税收优惠。
由于能源税制的调控空间狭窄、税收规模有限，总体税率过低，不同能源的税率同质化，使得调控力度不足。目前我国对绝大多数能源产品都实行税率 17%的增值税，这不仅远远低于人均能源同样缺乏的英、法、德、意、日的 60%以上的能源税税率，甚至低于人均能源相对充裕的美国、加拿大的 40%左右的能源税税率。同时，对于不同能源适用相同的税率，也不利于引导能源消费偏好的转型，达到改善能源消费结构的目的。
能源作为公共资源，其开发收益的分配理应体现在全民共享上，但现实是，虽然政府有对能源企业征收资源税和资源补偿费（合计不足2%），也征收一定比例的特别受益金，但由于能源上游市场的垄断性，造成能源收益地区以及行业之间的分配不平衡。尤其在一些资源型城市，能源产品的开发利用带来一系列外部成本，在现行税收制度下无法得到充分体现，企业开发利用资源的外部成本没有被完全内部化。资源开发利用过程中的生态环境等外部成本基本由能源产业的上游企业、能源资源富集地区来承担。另外，现行税收体制没有很好地体现能源的稀缺性，降低了企业使用能源的成本，造成能源利用率低下。
在相关税费的设计上，计税依据不科学，以致资源级差收益不明显，对能源价格变化的影响缺乏考虑，资源税税负普遍较低，地方收益过低。消费税中，征税范围太窄，对能源利用的控制度低，对节能环保的消费品没有优惠措施。征收环节不合理，将征收环节设在生产环节，造成最终消费者只感觉能源产品价格的高与低，缺乏税收意识。消费税实行价内税不合理。采用价内税，消费者每次消费应税产品，并不清楚为这种消费支出多少税金，无法强化消费者的节能意识。出于顺应世界通行做法和目前技术的处理难易度，燃油税在征收方式上从量定额，价内征收，但这显然不是长期可行的发展方式。
在税收制度之外，探矿权使用费和采矿权使用费的主要问题在于收费标准太低，前者大约比国际水平低三分之一或二分之一；后者只是国外平均标准的七分之一左右。而我国现行的资源税和矿产资源补偿费，实际上是矿区使用费的不同表现形式，是矿区使用费的重复计征，企业负担进一步加重。
石油特别收益金自2006年3月按照每桶40美元起征的，当时原油平均成本每桶不到20美元。2011年11月将起征点提高到55美元，但随着近年来资源劣质化、资源条件复杂化、安全环保绿色化、生产要素和物价刚性上涨影响，东部油气田普遍处于盈亏边际或亏损状态，已无超额收益。另外，将资源税在全国范围内由从量计征改为从价计征，实际上也减少了起征点提高所带给企业的收益。
还有，目前我国油气企业一般为上中下游一体化的综合性油气企业，按照目前各地出台的两项基金征收办法，一体化企业在每个生产销售环节都要缴纳，存在重复征收。特别是价格调节基金，设立政策依据不充分。对能源产品这种经济生活基础性产品征收价格调节基金，变相从源头上提高了价格。
能源税制改革，我们认为，首先要改变能源税制立法位阶低，缺乏稳定性和权威性的现状。假如只有新颁布的企业所得税是法律，其他多数能源税政策的法律位阶较低，并且没有单独的税种，基本上是通过对一些基本税收法规的条款修订、补充而形成，那是难以全面把握的，并且在实际执行中还会受到来自各方面的干扰。
