推动农村改革形成新局面，需要进一步解放思想，研究新情况，解决新问题，不断丰富农村改革的内涵。农村改革已经由农村内部利益关系的调整，转向工农、城乡以及国民经济部门之间利益格局的调整，涉及的利益关系更为广泛和复杂。农村改革的独立性大大降低，城乡改革的关联性大大增强，改革的难度加大，改革耗费时间长，这是新阶段农村改革最突出的特点。应当清醒地看到，虽然近年来农村改革有很大进展，在改善城乡关系上也出台了不少含金量很高的政策，但城乡分割的二元结构尚未从根本上发生改变。城乡二元结构是制约“三农”发展的深层次矛盾和最主要的体制性弊端。必须通过实施综合性制度创新，健全城乡发展一体化的体制机制，加快形成以工促农、以城带乡、工农互惠、城乡一体的新型工农城乡关系，让广大农民平等参与现代化进程、共同分享现代化成果。
破除城乡二元结构，最重要的课题就是推进城乡要素平等交换和公共资源均衡配置，这是全面深化改革要啃的“硬骨头”。
土地是农民最基本的生产资料和财产，是农民维持生计的最基本保障。随着城镇化进程的加快，征地规模不断扩大，被征地农民数量逐年增加，违法征地、暴力征地频发，导致涉及土地的信访居高不下，群体性事件时有发生，社会风险加剧。在现行制度下，农用土地转化为城镇非农用土地的过程，不是一个平等的、协商的产权交易过程。目前，征地过程中的土地增值收益分配明显向城市、向非农部门倾斜，农民得到的份额太低。破除城乡二元结构，必须加快推进征地制度改革，缩小征地范围，规范征地程序，完善对被征地农民合理、规范、多元保障机制，确保被征地农民得到足够的补偿，保障农民公平分享土地增值收益。
农业转移人口是我国经济社会结构转型过程中出现的特殊群体。改革开放以来，农业转移人口规模不断扩大，已遍布全国各个地区和各个行业，成为推动我国工业化、城镇化进程的重要力量。长期以来，我国实行城乡分治的户籍管理制度，农业转移人口虽已进城务工经商，但农民身份没有变，未能获得与城市居民平等的权利。农业转移人口家分两地，长期奔波于城乡之间，不能在城市安居乐业，这种不彻底的转移方式，起不到减少农民、促进土地向务农劳动力稳定流转和集中的作用。农业转移人口长期处在城市的边缘，融不进城市社会，定会累积很多矛盾。破除城乡二元结构，必须加快推进农业转移人口市民化，逐步把符合条件的农业转移人口转为城镇居民。
近年来，各级政府加大对农村基础设施和社会事业的投入力度，农村基础设施建设的规模和力度都是前所未有的，农村社会事业得到快速发展。尽管如此，公共资源在城乡配置失衡问题仍然突出，城乡居民所享受的公共服务仍存在很大差异。破除城乡二元结构，必须继续增加国家对农村基础设施、农村教育、文化、医疗卫生、社会保障事业的投入，不断提高农村基本公共服务的标准和水平，实现从有到好的转变，逐步实现城乡基本公共服务均等化。
改革开放以来，农民参与政治的积极性有所提高，新型农民合作组织、村民理事会等各种经济社会服务组织大量涌现，乡村治理呈现多元主体新格局。但是，应当清醒地看到，随着城乡利益格局深刻调整、农村社会结构深刻变动、农民思想观念深刻变化，乡村治理又出现了新的矛盾和问题。一些地方基层民主管理制度不健全，基层政府公共管理和服务能力不强，农民利益诉求表达渠道不畅，一些地方基层党组织软弱涣散，黑恶势力向基层政权渗透，农村社会组织发育和作用发挥不足，乡村治理总体形势比过去更加复杂。破除城乡二元结构，必须改善乡村治理机制，破除乡村治理中那些不合时宜特别是那些不尊重农民主体地位的制度和政策，加快形成多元共治、良性互动、充满活力的乡村治理新格局。
