国际关系学作为一门独立学科诞生于一战以后。1914年以前，国际关系理论界几乎一致认为，国际社会格局不容易改变，世界划分为主权国家理所当然，国际关系学的研究内容应该是外交史和国际法。日本同样如此。
不过，日本国际政治学的开拓者神川彦松指出，对于日本来说，其它社会科学领域都是引进和模仿“既成品”，但在国际政治学领域，日本与世界其它国家是在同时而对等的基础上展开的，早在1924年东京大学就开设国际政治学讲座，早稻田大学也于1932年开设“国际政治理论”课程。
我们知道，在欧洲列强相互争夺和扩张势力范围的严酷的国际环境下，近代日本实现了明治维新，完成了对外开放和国家独立，并且发展壮大起来。因此，明治维新前后的日本人，从政治领导人到知识分子，普遍具有敏锐的国际感知力和广博的海外知识，他们对欧美、亚洲和中东等地区形势的分析、各国的地理人文信息和国际法等方面的知识，今天看来也令人称叹。
不过，直到一战之前，日本人对国际政治学并不特别感兴趣，只将其归入国际法或外交史领域，没有作为独立的研究领域。一战结束后，作为五大战胜国之一的日本出席巴黎和会，成为国联的主要成员之后，才对国际政治萌发出兴趣，一批有识之士强烈地感受到国际关系的重要性和复杂性，纷纷在《外交时报》、《中央公论》等杂志撰文展开了时事评论、国际关系理论等的评述。
这批学者受到美国威尔逊总统的影响，主张通过国际合作来应对国际挑战，研究主题集中在国际组织方面，致力于国际关系学科的独立。这一时期，日本的研究特征与欧美等国并无二致，只是过于强调方法论，更加突出抽象的概念和理论的假设。
随着1929年世界经济危机的爆发和德意日法西斯统治的确立，日本发动了“9•18”事变，率先以武力挑战国联秩序，日本的国际关系学也由此踏上不同于欧美的转型之路。道德、法制和国际组织的研究主题迅速凋落，代之以现实主义为标榜的强权政治，重新拾起明治时代的弱肉强食的实力政治理论，相信只有富国强兵、掌握实力和权力才能完成现代化，转型为现代意义上的主权国家，进而再谋求改变东亚国际结构，建立新的帝国秩序。
当时，日本的学术研究总体上出现积极支持日本法西斯的倾向，国际政治学虽未像哲学、历史学、政治学那样发展到唯我独尊、神灵附体的极端程度，但也从理论上积极论证东亚新秩序和大东亚共荣圈政策的合理性，沦为了侵略政策的工具，整个日本的学术界彻底失去了学术批判力。
日本的国际关系学真正获得学术自由是在二战结束以后，其出发点是对战争失败的反省。日本学者认为，日本战败的一个因素就是缺乏多维度地理解国际关系，包括对国际法、世界经济和各国国情的认知。因此，战后的日本开始从广义的跨学科角度来建构国际关系学。
然而，日本国际关系学的发祥地——东京大学当初却没有开设以社会主义国家苏联和中国为研究对象的区域和国别研究，因为当时的日本受到美国主导的联合国军的控制。不过，一段时期中，日本的区域研究所涵盖的研究领域，没有纳入社会科学，但却成为国际关系学的研究对象，这种不协调反而派生出综合性的社会科学。
出于这样一种背景，日本有学者提出，国际关系学是国际关系论和区域研究的总称，但东京大学的学者却强调国际关系论是跨学科的，并且要有相当的积累，不是单纯的“学”所能包容的，可以独立出来。实际上，国际关系论和国际关系学并无本质差异，况且日本许多区域研究者未必认同区域研究是国际关系的一部分。
到了1950年代，东京大学的美国太平洋研究中心、京都大学的中国研究中心和北海道大学的斯拉夫研究中心等区域研究机构的雏形开始成立，但并不是独立机构，也没有明确的发展目标。当时，日本国际关系学的整体发展随着国家间关系的冷热和冷战结构的变化而潮起潮落，并一度深受美国的影响，可是，日本学者有了战前和战时的经验，对同政府机构发生联系非常警惕，这也构成了战后日本国际问题研究的一个特征，影响至今。
譬如，斯拉夫研究中心决不跟随当时美国流行的决策学和战略学，强调以学术为基本导向，将自身定位于跨学科、超越院系和大学围栏的区域研究机构，同时排斥左右意识形态的影响，秉持学术自由和开放的态度，终于在1980年代跃升为有着国际影响力的国家级研究机构。
在日本学者看来，国际关系研究存在明显的地域制约特性。地域不同，历史、社会、语言、文化以及世界影响力迥异，国际关系学的特征也差异明显。
譬如，美国的国际关系学是政治学中的一个领域，而区域研究则隶属于比较政治学，整个学界的现实主义与实证主义风气很盛，但很少有大学研究帝国主义、国民国家、依附理论和马克思主义。
日本学者认为，美国一直引领着国际关系学的发展方向，今后也会起到主导作用，但美国国际关系学存在的问题是，学术与政治勾结、偏重现实主义、缺乏自我反省精神、较少彻底批判自身的立场、过度自信建国理念和例外国家的研究、阻碍非主流的学术、覇权地位导致威权主义的研究过剩等等，所以美国需要实现国际关系学的转型。
与美国不同，日本的国际关系学并不是政治学的一个分野，而是以理论研究、历史研究和区域研究构成的三位一体的形态在推进着。东京大学的猪口孝教授认为，美国是政治学为国际关系学提供了极为重要的专业理论框架，而日本的国际关系学则囊括了外交史、国际法、国际经济、区域研究、政治理论等多个学科，并且由于没有被西方殖民的经历，所以包括研究术语在内，没有受到过多的西方国际关系学的话语浸透。
我们知道，美国的国际关系理论对印度、巴基斯坦、马来西亚、菲律宾等国的影响自不待言，即使与韩国、中国的台湾学界和大陆学界相比，日本所受的影响也要小得多。当然，日本学者也会借用美国国际关系学的概念和方法，但程度远低于其它亚洲国家。日本在学生教育、教授选用和研究成果评价方面的制度，在亚洲是最难同美国妥协的国家。虽然这也意味着日本要改善封闭的环境，积极向全球标准化靠拢，但日本学者却认为，日本没有必要去追求美国“转包式”的国际关系学，而应构建日本独立的，非美国式的国际关系学。
按照通常意义的归纳，国际关系学至今有三次论战，分别是1920年代到1950年代的理想主义与现实主义的论战、1950年代到1970年代的传统主义与科学行为主义的论战和1980年代至今的新现实主义与新自由主义的论战，但日本并没有出现像美国国际关系学界的那种论战。
即便是建构主义，日本原本就受到法国现代启蒙思想的影响，已经存在建构主义的问题意识，并没有认为它是特别新鲜的理论。从专业论文的数量来看，与美国相比，日本的建构主义研究要比理性主义研究更占优势，在美国建构主义兴起之前，日本就已存在类似建构主义的研究。在日本学者看来，建构主义虽然不像自然科学那样追求普遍性，但却重视把时间、特定场合和立场，以及不同的视角都纳入思考之中，这与日本流行的历史研究和区域研究有着共同之处。
日本学者岩木秀树把包括建构主义、后现代理论、批判理论、女性主义、东方学等理论，统称为后实证主义。他认为后实证主义的特征是，无论是政治、经济、社会还是文化，都不能脱离人类的思考而存在，因为世界是由人的思想和实践建构的。作为与本质主义和朴素的客观主义对立的理论，后实证主义是来源于国际关系学科外部的理论。
在岩木秀树看来，对于利用“主权”概念来塑造人的忠诚，建构线性的历史，把社会和政治上的边境强加于人，并且用“主权”概念来解决问题，后实证主义持有异议；以往主流的国际关系理论是通过军事力量、经济实力等物理因素来阐明事物的因果关系，后实证主义对此也提出反论，认为国际关系在本质上是由理念、规范、认同性等非物理因素构成的，从而挑战预测冷战终结失败的既存国际关系理论。
岩木秀树还特别批评了美国的国际关系学，认为美国的科学行为主义、现实主义是把权力和国家作为前提条件加以认知的，却没有重视变化和动态；甚至还在客观、中立、科学的名义下回避反省自身，促成了权力和理性的共犯关系。所以，后实证主义认为，国际关系学是“美国的、男性的、白人的、富人的、发达国家的、人类中心的”学问。日本学者认为，虽然后实证主义是众多理论的集合体，但对既有理论的批判、意识形态的可视化、权力和理性关系的解明具有一定的贡献，所以在新的国际关系学中占有一席之地。
进入21世纪之后，世界范围内的国际关系学研究迅猛，致力于谋求人类的和平与幸福，同时对于权力、暴力、正义和主权等既存概念的批判也令人瞩目。日本的国际关系学并没有受到美国太多的影响，继续以理论、历史和区域研究三位一体的格局发展，并酝酿着更容易接受后实证主义的土壤，而非美国流的现实主义，日本学界正在构建独立的国际关系学。
