在谈及台湾问题的外部因素中，最主要的两个国家是美国和日本。美国是世界上最强大的国家，而且利用台湾对中国大陆进行“接触加遏制”，因此美国在其中扮演主导角色。同时，由于台湾涉及日本的海洋通道等问题，而且日本曾占领台湾长达半个世纪，因此日本在台湾问题的发展过程中也扮演了重要角色。
近年来，由于安倍政权等日本当局坚持走右翼路线，对华奉行强硬政策，中日关系发展陷入低谷。为制衡中国大陆，日本政府开始对大陆打“台湾牌”，积极拉拢台湾当局，运筹全方位提升日台关系。
政治方面，提升双方互动层级，防止两岸联手保钓。近年来，日台官员和议员互动达到了前所未有的高度。2010年，先后有麻生太郎、安倍晋三和森喜朗三位前首相访台。2011年5月4日，日本众议院副议长卫藤征士郎访问台湾，系1972年日台“断交”后首位访台的日本国会议长。此外，每年还有数个日本国会议员访问团造访台湾。
日本之所以积极发展与台湾的关系，现实考虑就是防止两岸在钓鱼岛问题上联手。2008年“联合号渔船事件”以及2012年的购岛闹剧等持续发酵，台湾当局和民众保卫钓鱼岛的倾向更为明晰，两岸四地民间要求两岸联合保钓的声音再起。为了离间两岸，2013年4月10日，日本与台湾当局签署了“日台渔业协议”，系1996年双方启动渔业谈判以来首次达成具体成果。“渔业协议”签署后，岛内渔民赴钓鱼岛海域捕鱼的权益得到部分保障，台湾要求保钓的声音顿然降低，两岸联合保钓变得绝无可能。
在中日关系高度紧张时期，日本某些政客甚至提议制定日本版的“与台湾关系法”。2014年2月，日本外务省副大臣、安倍晋三的胞弟岸信夫成立了一个议员小组，要提案制定“与台湾关系法”，在中日和台日间引发高度关注。
经济方面，强化与台湾的贸易与投资关系。目前，日本是台湾第二大贸易伙伴，最大的进口来源地。根据台湾方面的统计，2013年日台贸易额为624亿美元，其中台湾自日本进口额为432亿美元，对日出口192亿美元。日本是台湾第二大外资来源地，1952年至2012年共对台投资171亿美元。2011年日本大地震后，日本将台湾作为备援基地，对台投资再次呈现加速迹象。2012年日本对台投资619件，金额为4.1亿美元；2013年，日本对台投资616件，金额为4.08亿美元。
除了经贸投资外，日本还提升了与台湾经贸关系的制度化。2011年9月，日本与台湾签署了“投资协议”，系ECFA之后台湾与外国签订的第一个投资协议，也是台湾第一个完整的投资协议（以往签署的系投资保障协议，不包括自由化的内容）。
此外，日本还采取措施鼓励双方民众交流往来。2009年6月起，每年有2000名青年在对方打工逗留。2011年11月，日台签署“开放天空协议”，双方之间的航班数大大增加。据统计，2013年台湾赴日游客达到235万人次，较2012年增长50.4%。2014年6月，台湾“故宫”还在东京博物馆进行“神品至宝”特展，展出了包括翠玉白菜及肉形石在内的大批珍贵文物。
基于此，日台关系出现了“40年来最佳的状态”，但同时日本对当前在台湾执政的马英九又不十分放心，一直担忧马的“反日”情结，不敢骤然大幅提升日台关系。
这源于日本对马英九个人过往言行的解读。马英九早年在钓鱼岛问题上的表现较为强硬，因此日本一直认为马英九是一位对日本不友好的领导人，甚至是“反日派”。马英九曾经参与了20世纪70年代风起云涌的保钓运动，在哈佛大学的博士论文亦是以钓鱼岛为研究对象，题为《从海洋法论钓鱼台列屿与东海划界问题》。马英九返台从政后，对日发言也较为强硬。2005年台湾渔民在钓鱼岛海域受到日本舰船骚扰，时任台北市长马英九称“为了保钓，与日本不惜一战”。2007年11月，身为国民党“总统”候选人的马英九访问日本，企图化解日本对其疑虑。2008年上台后，由于处理涉外事务不能完全按照个人喜好行事，基于台湾的战略考虑和台湾民众的情感诉求，马英九提出了“友日”的口号，并将2009年定为“台日特殊伙伴关系促进年”，但是日本对马英九仍不放心。
令日本更为不安的是马英九发展两岸关系的政策。随着两岸关系和平发展的稳步推进，两岸关系大幅缓和，日本难以在两岸之间打上楔子，利用台湾来制衡中国大陆。而且，由于两岸的快速接近，两岸可能的政治安全合作给日本的海洋通道造成重大影响。由于日本是海洋国家，自然资源极度匮乏，很多资源和能源依赖进口，而进口的通道多是经过台湾外海。如果两岸快速接近，或将对日本的通道安全造成威胁。
在对马英九不放心的前提下，日本转而重视发展与民进党的关系，甚至企图扶植民进党的发展。2011年“311大地震”后，日本产业界开始在海外寻找“备援基地”，经过讨论和评估，日本多数企业选择了台湾，而且是在民进党执政的南台湾地区。一方面是因为台湾距离日本较近，台湾人对日本非常友好，另一方面希望扶植民进党地方政府，为其执政创造政绩。此前，笔者曾赴台南市考察，发现台南的科技园区多数是日本公司。台南市之所以不积极发展与大陆的关系，不争取大陆的直航与旅行团等等，主要原因是该地区有大量的日本人在。据一位旅馆业者称，他们的客源主要是日本人，不需要大陆民众的刺激。
