我国农业经济面对的深刻矛盾，是农业高成本所产生的农产品减产因素与国家确保农产品增产目标之间的矛盾。解决这个矛盾要立足于降低农产品成本，提高我国农产品在国际市场的竞争力。实现这个目标要克服多种困难，其中之一便是解决我国优质农地相对稀缺的问题。
新的农地保护制度设计要以“简单易行，放控明确；制度统一，权力分置”为原则。
农业保护区是指国家划定的农业发展的专属区域，它由国务院按照农业现代化的总体要求确定总规模并批准设立，由县级人民政府直接管辖。农业保护区内禁止发展任何非农产业，可以接待游客，满足游客度假观光需求，但不得建设住宿设施。
如果实行农业保护区制度，我国土地资源总量中的农区面积会稳步扩大。我国有约60亿亩的国土适合发展有竞争力的农业。若划定25亿亩农业保护区，去掉约15%的河湖、道路、小面积陡坡地、农舍以及森林占地，估计有约21亿亩的可用农地。如在黄土高原地区、东北地区除上述类型占地之外，可以悉数划为农业保护区。农业保护区之外的35亿亩国土，去掉现有城市建成区、工矿区以及非保护区的村庄占地共约4亿亩，再去掉河流道路占地约4亿亩，考虑森林的远景占地20亿亩，还有7亿亩的余量，可适度扩大城市用地、发展广义的都市农业、安排中高端住宅用地。这样一个土地资源使用格局，足以满足未来国民经济健康发展对土地的需要。
第一，下放土地管理权限。对农业保护区以外的其他土地，中央政府可将管理权限大幅度下放给地方。在相关法律修改之前，中央政府可授权省级政府国土部门代行中央政府权力。中央政府对农业保护区的土地规划与开发整理应直接管控，同时对其他类型土地的利用进行“目标指导管理”。
第二，以农业保护区发展为核心，调整财政支农政策。农村土地整理资金集中投放于农业保护区。农业保护区之外的户籍农民不再享受各类农业补贴，但暂时实际经营农业的农户除外。允许地方政府将节约资金在农业保护区建设工作中统筹使用。
第三，建立“注册农业经营者制度”。注册农业经营者分为“公司法人农业经营者”“合作社法人农业经营者”“自然人农业经营者”，后者主要为家庭农场。支农政策对这三类应分别对待。
第四，扎实推进农村产权改革，落实中央关于农民土地承包权确权颁证的工作。
第五，国土资源部试行的“增减挂钩”政策继续执行，可考虑转化为一般性政策，但对具体规定应作出调整。在农业保护区内，不得建设新的集中居住社区，应允许专业农户或家庭农场主分散居住。专业农户需要建设生产生活相结合的农庄，只能在保护区内部的村庄占地上安排。对于自愿迁出农业保护区并将宅基地复垦的原住农户，其出让宅基地的补偿标准，要参考城市建设用地的出让价位。城市建设用地因增减挂钩政策得以扩大时，应将一部分溢价收入用于农业保护区建设。
第六，试行农业经营者规模管理政策。区别不同品种、不同生产方式，确定农业经营者的最大规模，具体标准由地方政府作出规定。
第七，适当调整地方行政区划。支持农业主产区的小县合并为大县，或建立专门的管理区等，以提高农业县的财政脱困能力。
第八，在放活地方用地自主权过程中，中央政府对地方的城市建成区（包括工矿区）经济密度进行监控，制定监控指数，建立预警信息发布机制。
