如果是检察院自己提出的案件，检察院可以直接撤案，如果是公安局立的案件，检察院只能建议撤销，而不可以撤销。人民检察院作出不起诉决定的，应当制作不起诉决定书，公开宣布，并且应将不起诉决定书送到被不起诉人和他所在的单位。如果被不起诉人在押的，应当立即释放。
根据最高人民检察院《刑事诉讼规则》第286条的规定，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：
(1)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;
(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的;
(3)据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;
(4)根据证据得出的结论具有其他可能性的。
存疑不起诉后再次起诉是合法的，存疑不起诉后需要重新起诉的必须要确定掌握了他人犯罪的证据。作为公安、检察机关也不应忽视客观存在的社会对存疑不起诉人的消极评价，为保障其权利，应加大对存疑不起诉案件的补查力度，尽量缩短查清案件的时间，早日给存疑不起诉人一个有罪无罪的明确结论。对此，有学者提出公诉时效的概念，即对存疑不起诉后再起诉权的行使规定一个合理的期限，从检察机关不起诉决定宣布之日起计算，在该期限内，检察机关对被不起诉人未能提起公诉的，不再保留公诉权。
在程序法当中对存疑不起诉以后的撤案流程没有什么特别详细的规定，撤案是由司法机关操作完成的。但在存疑不起诉的案件当中，也有可能该刑事犯罪存在着其他的犯罪嫌疑人，不起诉就不代表公安机关的侦查工作就此结束了。
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