一、经理辞退员工后按旷工扣工资合法吗?
员工存在旷工行为的，可以按照约定扣发工资，旷工是严重行为，如何扣发工资，法律没有规定，由用人单位依法制定的规章制度规定。如无故旷工，对公司造成损失的话，公司有权要求赔偿。如旷工天数符合公司规定解除劳动合同的要求，则可解除劳动合同。
《劳动合同法》没有自离规定，《劳动法》第25条、《劳动合同法》第39条、第40条规定用人单位可单方解除劳动合同。第三十九条劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
1、在试用期间被证明不符合录用条件的;
2、严重违反用人单位的规章制度的;
3、严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的;
4、劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的;
5、因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的;
6、被依法追究刑事责任的。
二、辞退的补偿
根据《劳动合同法》第46条规定，用人单位按照上述第36条、第40条、第41条的规定解除劳动关系的，应当向劳动者支付经济补偿。
第47条规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
除了上述情形以外，用人单位辞退员工的，就属于违法解除劳动合同，要按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金，即按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付二个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付一个月工资的赔偿金。
经济辞退员工是需要结合辞退原因来认定是否支付经济补偿的，一般情况下对于用人单位主动辞退员工的，都是需要支付经济补偿的，但如果属于劳动者存在旷工行为，导致被用人单位解除劳动合同的，则是不需要支付经济补偿的。
延伸阅读：
劳动合同试用期辞退员工是否违法？
未到法定退休年龄辞退员工需要进行补偿吗？
合同不续签辞退员工补偿金的计算依据是什么
