一、农民工工资管理制度是怎样的?
第一条 本办法适用于在中华人民共和国境内的建筑业企业(以下简称企业)和与之形成劳动关系的农民工。
本办法所指建筑业企业，是指从事土木工程、建筑工程、线路管道设备安装工程、装修工程的新建、扩建、改建活动的企业。
第二条 县级以上劳动和社会保障行政部门负责企业工资支付的监督管理，建设行政主管部门协助劳动和社会保障行政部门对企业执行本办法的情况进行监督检查。
第三条 企业必须严格按照《劳动法》、《工资支付暂行规定》和《最低工资规定》等有关规定支付农民工工资，不得拖欠或克扣。
第四条 企业应依法通过集体协商或其他民主协商形式制定内部工资支付办法，并告知本企业全体农民工，同时抄报当地劳动和社会保障行政部门与建设行政主管部门。
第五条 企业内部工资支付办法应包括以下内容：支付项目、支付标准、支付方式、支付周期和日期、加班工资计算基数、特殊情况下的工资支付以及其他工资支付内容。
第六条 企业应当根据劳动合同约定的农民工工资标准等内容，按照依法签订的集体合同或劳动合同约定的日期按月支付工资，并不得低于当地最低工资标准。具体支付方式可由企业结合建筑行业特点在内部工资支付办法中规定。
第七条 企业应将工资直接发放给农民工本人，严禁发放给“包工头”或其他不具备用工主体资格的组织和个人。
企业可委托银行发放农民工工资。
第八条 企业支付农民工工资应编制工资支付表，如实记录支付单位、支付时间、支付对象、支付数额等工资支付情况，并保存两年以上备查。
第九条 工程总承包企业应对劳务分包企业工资支付进行监督，督促其依法支付农民工工资。
第十条 业主或工程总承包企业未按合同约定与建设工程承包企业结清工程款，致使建设工程承包企业拖欠农民工工资的，由业主或工程总承包企业先行垫付农民工被拖欠的工资，先行垫付的工资数额以未结清的工程款为限。
第十一条 企业因被拖欠工程款导致拖欠农民工工资的，企业追回的被拖欠工程款，应优先用于支付拖欠的农民工工资。
第十二条 工程总承包企业不得将工程违反规定发包、分包给不具备用工主体资格的组织或个人，否则应承担清偿拖欠工资连带责任。
第十三条 企业应定期如实向当地劳动和社会保障行政部门及建设行政主管部门报送本单位工资支付情况。
第十四条 企业违反国家工资支付规定拖欠或克扣农民工工资的，记入信用档案，并通报有关部门。
建设行政主管部门可依法对其市场准入、招投标资格和新开工项目施工许可等进行限制，并予以相应处罚。
第十五条 企业应按有关规定缴纳工资保障金，存入当地政府指定的专户，用于垫付拖欠的农民工工资。
第十六条 农民工发现企业有下列情形之一的，有权向劳动和社会保障行政部门举报：
(三)拖欠或克扣工资的;
(五)侵害工资报酬权益的其他行为。
第十七条 各级劳动和社会保障行政部门依法对企业支付农民工工资情况进行监察，对违法行为进行处理。企业在接受监察时应当如实报告情况，提供必要的资料和证明。
第十八条 农民工与企业因工资支付发生争议的，按照国家劳动争议处理有关规定处理。
对事实清楚、不及时裁决会导致农民工生活困难的工资争议案件，以及涉及农民工工伤、患病期间工资待遇的争议案件，劳动争议仲裁委员会可部分裁决;企业不执行部分裁决的，当事人可依法向人民法院申请强制执行。
第十九条 本办法自发布之日起执行。
二、公司把需要支付给农民工的加班费换成休假合法吗?
1、公司把加班费换成休假不一定合法，如果单位是在法定节假日安排加班活动的，则不能将加班费换成调休。
法律依据：《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》
第七十条 休息日安排劳动者工作的，应先按同等时间安排其补休，不能安排补休的应按《劳动法》第四十四条第(二)项的规定支付劳动者延长工作时间的工资报酬。法定节假日(元旦、春节、劳动节、国庆节)安排劳动者工作的，应按《劳动法》第四十四条第(三)项支付劳动者延长工作时间的工资报酬。
2、加班费的支付规定
《劳动法》第四十四条 有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
(1)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬;
(2)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬;
(3)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
对于企业来说，需要按照与农民工签署的劳动合同来向农民工支付报酬，且企业支付农民工工资应编制工资支付表，在该记录表之中需要如实的记录支付单位、支付时间、支付对象等的相关内容。
延伸阅读：
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农民工要交多少工资税
