近年来，高校院所越来越重视与企业的横向合作，不少高校院所出台了一系列促进横向合作的管理办法，并设立了专门负责横向合作的管理部门，得益于此，高校院所的横向合作确实也取得了较大的进步。
横向合作的增多，随之而来的问题也增多。高校院所在推动横向合作的时候，往往“重争取、不重过程管理”，重视争取争取再争取，在横向合作促成后，对于横向合作的实施情况，甚至能否顺利结题，往往疏于管理。但是，众所周知，只要是合作就一定存在不确定性，更何况是横向合作这一类转移转化的合作，即使是“白纸黑字”的协议，实施过程中“争议”也难免，不少高校院所的横向合作协议都是以单位名誉盖的公章，某个横向合作没有做好，实际上合作企业认的是高校院所，损害的也是高校院所的声誉。
因此，建议高校院所在重视横向合作争取的同时，一定要更重视横向合作的过程管理。高校院所的有关管理部门要做好科技人员与合作企业沟通的桥梁，定期对接双方，跟进合作实施情况，及时协调解决实施过程遇到的各类问题，不能结题的合作要做好善后工作，顺利结题的合作也要做好总结。这样子做除可以保障合作的有序开展外，还有可能把一个项目点上的单一合作，变成多个项目面上的多方合作，甚至变成平台的合作，促进科技成果转移转化工作进一步拓展深度和广度。
