一、用城市最低工资计算加班费合法吗
违法的，根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条规定：“有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬;
(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬;
(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬”。该条法律规定表明：加班费计算基数应为劳动者“正常工作时间工资”。
二、关于“正常工作时间工资”的理解
实践中，正确理解“正常工作时间工资”可以从以下两方面入手：
(1)正常工作时间是指劳动者为履行劳动义务，按照劳动合同约定或用人单位规章制度规定，在法定限度内应当从事劳动或工作的时间。正常工作时间是以标准工时为参照的，也就是以每周五天八小时工作制为参照的。
(2)根据《关于工资总额组成的规定》第四条规定：“工资总额由下列六部分组成：
(一)计时工资
(二)计件工资
(三)奖金
(四)津贴和补贴
(五)加班加点工资
(六)特殊情况下支付的工资。”同时第十一条规定了劳动保护的各项支出、出差伙食补助费、误餐补助等十四项不列入工资总额的范围。正常工作时间工资是指劳动者按照劳动合同约定或用人单位规章制度规定，在法定限度的工作时间内从事劳动或工作，用人单位应当支付的工资报酬。
三、关于“加班费计算基数”约定的注意事项
关于加班费计算基数“约定优先”原则的适用并非不受任何限制，双方约定违反法律强制性规定的，当然无效。因此，用人单位与劳动者约定加班费计算基数，应当特别注意以下两点：
1、加班费计算基数不得畸低于劳动者正常工作时间工资标准。用人单位员工工资结构通常分很多细项，但计算加班费时仅以“基本工资”或“底薪”作为计算基数，这种情况相对较多，偶尔有用人单位以“基本工资”或“底薪”与其他工资项目之和作为计算基数，也并没有包括所有工资项目。如果用人单位与劳动者约定的加班费计算基数畸低于劳动者正常工作时间工资标准，该约定将因违反法律的强制性规定而归于无效。
2、加班费计算基数不得低于最低工资标准。最低工资标准是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定，在法定工作时间或劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。最低工资标准是劳动者正常工作时间工资的底线，也是法律关于工资的强制性规定，劳动者正常工作时间工资不得低于最低工资标准，因此用人单位与劳动者约定的加班费计算基数，不得低于最低工资标准，否则该约定将因违反法律的强制性规定而归于无效。根据《最低工资规定》第十条的规定，最低工资标准每两年至少调整一次。由于最低工资标准调整周期短，而劳动合同关于加班费计算基数约定的变更不及时，经常出现滞后导致约定失效。因此，当本地最低工资标准作出调整后，用人单位应当及时调整加班费计算基数的约定。
员工在进行加班的时候，公司是需要支付员工加班工资的。如果说员工不愿意支付加班工资，那么员工是可以去起诉公司的，因为不支付加班工资给员工是违法的行为，所以可以用法律保护自己的权益。
延伸阅读：
最新加班工资计算方法
晚上加班工资怎么算
加班工资诉讼时效是多久？
