“阿米巴经营”基于牢固的经营哲学和精细的部门独立核算管理，将企业划分为若干阿米巴组织。每个阿米巴组织自行制订计划，独立核算，持续自主成长，让每一位员工成为主角，人人成为经营者，依靠全体智慧和努力完成企业经营目标，实现企业的飞速发展。
阿米巴组织划分不是简单制作一个模型，而是在划分阿米巴组织时，千丝万缕的职能、职责、流程的划分是否清晰。阿米巴组织是“人人成为经营者”管理模式有效运作的最小实体单元，科学合理地把阿米巴划分到位是阿米巴经营取得成功的首要基础。 阿米巴组织划分需要遵循如下原则：
（1）实现企业发展战略
企业推行阿米巴经营模式的最主要目的，是完成企业经营目标，实现企业的飞速发展。因此，阿米巴组织划分的根本性的原则，就是要有利于贯彻企业发展战略、实现企业的战略目标。如果由于阿米巴组织的划分，导致企业的管理运营混乱，或者各个阿米巴组织“明争暗斗”，导致企业沦为一盘散沙，难以完成战略目标，那么就要调整阿米巴组织的划分思路和方法。
（2）最大限度地划小经营单位
稻盛和夫所创立的“阿米巴经营”模式，就是最大限度地划小经营单位，衡量出每个经营单位的“人均每小时收益”，努力追求“销售额最大化、成本费用最小化”的经营效果。 当然，最大限度划小原则并不是说阿米巴组织越小越好，而是要在能够独立核算与独立完成业务的基础上进行最大限度的划小，而且确保阿米巴组织以最低的成本取得最大的经济效益。
（3）划分后的阿米巴能够独立核算
划分后的阿米巴能够成为独立的核算组织，需要有明确的收入，同时能够计算出为获取这些收入而所需要的费用。
阿米巴经营所运用到的独立核算的工具是经营会计。阿米巴经营关键不在于企业管理的制度有多么完美，而在于各项经营和考核指标是否通俗易懂，便于阿米巴成员随时掌握经营数据。
（4）划分后的阿米巴能够独立完成业务
划分后的阿米巴组织必须是能够独立完成业务的单位，即划分后的阿米巴要独立具备相对明确的“内部供应商”和“内部客户”，阿米巴组织通过产品、客户或者区域进行经营活动，进行独立的经营与结算。
在阿米巴组织划分过程中，要充分考虑到各阿米巴组织的责任、权利和利益，要能够清晰界定权利和义务、合理分配收益。只有这样，才能确保阿米巴经营模式在企业中顺畅运行。
