根据《环境行政处罚规定》，环境行政处罚办法的程序性有先判断是否要进行立案，再进行收集证据。
第三章一般程序
第一节立案
第二十二条【立案条件】环境保护主管部门对涉嫌违反环境保护法律、法规和规章的违法行为，应当进行初步审查，并在7个工作日内决定是否立案。
经审查，符合下列四项条件的，予以立案：
(一)有涉嫌违反环境保护法律、法规和规章的行为;
(二)依法应当或者可以给予行政处罚;
(三)属于本机关管辖;
(四)违法行为发生之日起到被发现之日止未超过2年，法律另有规定的除外。违法行为处于连续或继续状态的，从行为终了之日起计算。
第二十三条【撤销立案】对已经立案的案件，根据新情况发现不符合第二十二条立案条件的，应当撤销立案。
第二十四条【紧急案件先行调查取证】对需要立即查处的环境违法行为，可以先行调查取证，并在7个工作日内决定是否立案和补办立案手续。
第二十五条【立案审查后的案件移送】经立案审查，属于环境保护主管部门管辖，但不属于本机关管辖范围的，应当移送有管辖权的环境保护主管部门;属于其他有关部门管辖范围的，应当移送其他有关部门。
第二节 调查取证
第二十六条【专人负责调查取证】环境保护主管部门对登记立案的环境违法行为，应当指定专人负责，及时组织调查取证。
第二十七条【协助调查取证】需要委托其他环境保护主管部门协助调查取证的，应当出具书面委托调查函。
受委托的环境保护主管部门应当予以协助。无法协助的，应当及时将无法协助的情况和原因函告委托机关。
第二十八条【调查取证出示证件】调查取证时，调查人员不得少于两人，并应当出示中国环境监察证或者其他行政执法证件。
第二十九条【调查人员职权】调查人员有权采取下列措施：
(一)进入有关场所进行检查、勘察、取样、录音、拍照、录像;
(二)询问当事人及有关人员，要求其说明相关事项和提供有关材料;
(三)查阅、复制生产记录、排污记录和其他有关材料。
环境保护主管部门组织的环境监测等技术人员随同调查人员进行调查时，有权采取上述措施和进行监测、试验。
第三十条【调查人员责任】调查人员负有下列责任：
(一)对当事人的基本情况、违法事实、危害后果、违法情节等情况进行全面、客观、及时、公正的调查;
(二)依法收集与案件有关的证据，不得以暴力、威胁、引诱、欺骗以及其他违法手段获取证据;
(三)询问当事人、证人或者其他有关人员，应当告知其依法享有的权利;
(四)对当事人、证人或者其他有关人员的陈述如实记录。
第三十一条【当事人配合调查】当事人及有关人员应当配合调查、检查或者现场勘验，如实回答询问，不得拒绝、阻碍、隐瞒或者提供虚假情况。
第三十二条【证据类别】环境行政处罚证据，主要有书证、物证、证人证言、视听资料和计算机数据、当事人陈述、监测报告和其他鉴定结论、现场检查(勘察)笔录等形式。
证据应当符合法律、法规、规章和最高人民法院有关行政执法和行政诉讼证据的规定，并经查证属实才能作为认定事实的依据。
第三十三条【现场检查笔录】对有关物品或者场所进行检查时，应当制作现场检查(勘察)笔录，可以采取拍照、录像或者其他方式记录现场情况。
第三十四条【现场检查取样】需要取样的，应当制作取样记录或者将取样过程记入现场检查(勘察)笔录，可以采取拍照、录像或者其他方式记录取样情况。
第三十五条【监测报告要求】环境保护主管部门组织监测的，应当提出明确具体的监测任务，并要求提交监测报告。
监测报告必须载明下列事项：
(一)监测机构的全称;
(三)监测项目的名称、委托单位、监测时间、监测点位、监测方法、检测仪器、检测分析结果等内容;
(四)监测报告的编制、审核、签发等人员的签名和监测机构的盖章。
设立环境行政处罚的一系列规章制度是为了保护环境以公民组织的相关利益。如果行为人有违反环境行政处罚的一系列规定的话，行政管理部门可以对其进行教育或者处罚，或者责令其停止生产经营活动，并且进行整改，也可没收相关的违法财物。
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