随着县域基础教育改革的深入推进，各地县中办学条件都得到明显改善，办学硬件已经不再是问题，但优秀生源流失、优秀师资流失仍是县中发展面临的两大“难关”，导致县中陷入生源越来越差、师资越来越落后、竞争力越来越弱的恶性循环。县中陷入困境，生源问题和师资问题只是显性问题，其背后的深层次问题更值得关注。
一是管理体制僵化。几乎所有县中都按照县域内统一标准运行，很多县中的领导班子是按照县域内的科级序列配置的，因为受限于地方行政管理体制，部分不具备学校管理能力的人也会进入县中班子序列。县中领导班子必须受制于管理体制，不仅会束缚领导班子的手脚，也会使县中的管理和发展改革受阻，缺乏活力和创新。
二是财务管理机制难以适应县中发展的需要。多数县中仍沿用义务教育财务收支管理体制，不得随意收费，不得随意开支，不得增设收费项目，不得违规发放教师补助等，部分县中的教师待遇、课时补助、奖励政策、特色办学等得不到落实，县中教师享受的待遇和农村义务教育阶段教师在一个层级，甚至低于农村义务教育阶段的教师，县中教师的工作积极性和职业获得感大大降低，师资流失也在情理之中。
三是教育教学改革面临阻力。目前的县级政府，要么对高中发展支持力度不够，要么过分关注升学率，对短期内无法看到明显成效的教学改革热情不高，对教师培训、课堂改革、教法创新等关注不够，导致县中教育教学短视化、功利化倾向严重，不利于县中健康发展。
四是“办学自主权”不到位。比如教师招聘管理，用人和管理体制不灵活，还是按照考试招教、财政负担工资、教育部门管理人员的方式管理县中教师队伍，再加上待遇和工资不具备竞争优势，导致优秀人才大量流失，年轻后备力量严重不足，招不到或者招得来却留不住。
解决县中问题，除了继续加大投入、强化硬件建设、确保办学条件，还要科学赋予县中“办学自主权”。
首先，地方政府要把县中发展作为衡量区域基础教育发展质量的重要指标，切实加大投入，改善办学条件，创设发展空间。
其次，要赋予县中办学自主权。管理部门要变革管理方式，将人事、待遇、评价、改革的自主权交给学校，纳入县中治理重点。除了政策扶持、资金支持外，学校内部的事情尽可能交由学校负责，地方党委、政府可以推行校长职级制改革，鼓励学校自我管理、自主办学。在严格执行和落实上级财务管理政策的基础上，学校可以进行用人制度改革、财务制度改革、教师待遇改革等。
最后，鼓励学校科学规划，开展教育教学创新改革。地方政府可以采取签订县中校长教育改革目标责任书、教育改革三年一轮综合评价、教育教学改革与校长和学校管理绩效挂钩等方式，鼓励学校大胆改革。
